baad

BAAD: قاعدة بيانات الكتلة الحيوية والقياس للنباتات الخشبية

عن

تحتوي قاعدة بيانات الكتلة الحيوية والقياس (BAAD) على بيانات حول بناء النباتات الخشبية في جميع أنحاء العالم. وقد تم جمع هذه البيانات من أكثر من 170 دراسة علمية منشورة وغير منشورة، ومعظمها لم يكن متاحا من قبل في المجال العام. ويحدونا الأمل في أن إتاحة هذه البيانات سيؤدي إلى تحسين قدرتنا على فهم نمو النبات، وديناميكيات النظام البيئي، ودورة الكربون في النباتات الخشبية في العالم. تم وصف مجموعة البيانات بشكل أكبر في المنشور

فالستر، دي إس، آر إيه دورسما، إم آي إيشيهارا، دي آر بارنيتشي، آر جي فيتزجون، إيه فارهامار، إم آيبا، إم أندو، إن أنتين، إم جي أسبينوال، جي إل بالتزر، سي بارالوتو، إم باتاغليا، جي جي باتلز، بي بوند لامبرتي، إم فان بروجيل، جي كاماك، واي كلافيو، إل كول، إم دانورا، إس ديلاجرانج، JC Domec، F Fatemi، W Feng، V Gargaglione، Y Goto، A Hagihara، JS Hall، S Hamilton، D Harja، T Hiura، R Holdaway، LS Hutley، T Ichie، EJ Jokela، A Kantola، JW G Kelly، T. كينزو، دي كينغ، بي دي كلوبيل، تي كوهياما، إيه كومياما، جي بي لاكلاو، سي إتش لاسك، دي إيه ماغواير، جي لو ماير، ماكيلا، إل ماركيستين، جي مارشال، كيه ماكولو، آي مياتا، كيه موكاني، إس موري، آر دبليو ميستر، إم ناجانو، إس إل نايدو، واي نوفيلون، إيه بي أوغرادي، كل أوهارا، تي أوهتسوكا، إن أوسادا , OO أوسونكويا, PL بيري, AM Petritan, L Poorter, A Portsmuth, C بوتفين، جي رانسيجن، دي ريد، إس سي ريبيرو، إس دي روبرتس، آر رودريغيز، سالدانيا أكوستا، سانتا ريجينا، ك ساسا، إن جي سيلايا، إس سي سيليت، إف ستيرك، ك تاكاجي، تي تانج، إتش تانوتشي، دي تيسو. ، تي أوميهارا، إتش أوتسوجي، إم إيه فاديبونكور، إف فالاداريس، بي فانينن، جيه آر وانج، إي Wenk، R Williams، F de Aquino Ximenes، A Yamaba، T Yamada، T Yamakura، RD Yanai، and RA York (2015) BAAD: قاعدة بيانات الكتلة الحيوية والقياس للنباتات الخشبية. البيئة 96 :1445-1445. 10.1890/14-1889.1

في وقت النشر، كان BAAD يحتوي على 258526 قياسًا تم جمعها في 175 دراسة مختلفة، من 20950 فردًا عبر 674 نوعًا. تتوفر تفاصيل حول الدراسات الفردية التي ساهمت في BAAD في هذه التقارير عبر الإنترنت.

باستخدام باد

يتم إصدار البيانات الموجودة في BAAD بموجب التنازل عن المجال العام Creative Commons Zero، وبالتالي يمكن إعادة استخدامها دون قيود. للتعرف على العمل الذي تم في بناء قاعدة البيانات، يرجى الاستشهاد بالمقال أعلاه، أو عند استخدام بيانات من واحدة فقط أو عدد قليل من الدراسات الفردية، يرجى الاستشهاد بالمقالات الأصلية إذا كنت تفضل ذلك.

هناك خياران للوصول إلى البيانات داخل BAAD.

تحميل قاعدة البيانات المجمعة

يمكنك تنزيل نسخة مجمعة من قاعدة البيانات إما من:

1. المحفوظات البيئية. هذه هي نسخة قاعدة البيانات المرتبطة بالورقة المقابلة في مجلة [ علم البيئة ]. وصلة.
2. الإصدارات التي نشرناها على جيثب.
3. حزمة baad.data لـ R .

تحتوي قاعدة البيانات على العناصر التالية

• data : مجموعة بيانات مدمجة (جدول)، مع أعمدة كما هو محدد في dictionary
• dictionary : جدول تعريفات المتغيرات
• metadata : جدول يحتوي على أعمدة "اسم الدراسة"، "الموضوع"، "الوصف"، يحتوي على معلومات مكتوبة حول الطرق المستخدمة لجمع البيانات
• methods : جدول يحتوي على أعمدة كما هو الحال في البيانات، ولكنه يحتوي على رمز للطرق المستخدمة لجمع البيانات. راجع config/methodsDefinitions.csv للحصول على الرموز.
• references : كجدول ملخص وإدخالات bibtex تحتوي على المصدر الأساسي لكل دراسة
• contacts : جدول يحتوي على معلومات الاتصال والانتسابات لكل دراسة. تتوفر هذه العناصر على كلا الارتباطين أعلاه كسلسلة من ملفات CSV وملفات نصية.

إذا كنت تستخدم R ، فإن أفضل طريقة للوصول إلى البيانات هي عبر الحزمة baad.data الخاصة بنا. بعد تثبيت الحزمة (التعليمات هنا)، يمكن للمستخدمين تشغيلها

 baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )

لتنزيل النسخة المخزنة في الأرشيف البيئي، أو

 baad.data :: baad_data( " x.y.z " )

لتنزيل إصدار سابق أو أحدث (حيث ستتبع أرقام الإصدارات إرشادات الإصدار الدلالي. تقوم حزمة baad.data بتخزين كل شيء مؤقتًا بحيث تكون الاستدعاءات اللاحقة، حتى عبر الجلسات، سريعة جدًا. وهذا من شأنه أن يسهل إمكانية تكرار نتائج أكبر من خلال تسهيل الاعتماد عليها الإصدار المستخدم لتحليل معين، والسماح للتحليلات المختلفة باستخدام إصدارات مختلفة من قاعدة البيانات.

مزيد من التفاصيل حول الإصدارات المختلفة والتغييرات بين الإصدارات متاحة على صفحة إصدارات جيثب وفي سجل التغيير.

تفاصيل حول نظام توزيع البيانات

تم تصميم BAAD لتكون قاعدة بيانات حية - وسنقوم بإصدار إصدارات دورية عند إضافة المزيد من البيانات. ستتوافق هذه التحديثات مع التغييرات في رقم إصدار هذا المورد، وسيكون كل إصدار من قاعدة البيانات متاحًا على github وعبر حزمة baad.data. إذا كنت تستخدم هذا المورد لتحليل منشور، فيرجى ملاحظة رقم الإصدار في منشورك. سيسمح هذا لأي شخص في المستقبل بالعودة والعثور على نفس الإصدار بالضبط من البيانات التي استخدمتها.

إعادة البناء من المصدر

يمكن إعادة بناء BAAD من المصدر (ملفات البيانات الأولية) باستخدام سير العمل المكتوب لدينا في R. بعيدًا عن قاعدة R، يتطلب بناء BAAD الحزمة "إعادة صنع". لتثبيت Remake، من داخل R، قم بتشغيل:

 # installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")

مطلوب أيضًا عدد من الحزم الأخرى ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). يمكن تثبيتها إما داخل R باستخدام install.packages ، أو بسهولة أكبر باستخدام remake (الإرشادات أدناه).

يمكن بعد ذلك إعادة بناء قاعدة البيانات باستخدام النسخة الجديدة.

قم أولاً بتنزيل الكود والبيانات الأولية، إما من الأرشيف البيئي أو من github كملف مضغوط، أو عن طريق استنساخ مستودع baad:

 git clone [email protected]:dfalster/baad.git

ثم افتح R وقم بتعيين المجلد الذي تم تنزيله كدليل العمل الخاص بك. ثم،

 # ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()

# build the dataset
remake::make("export")

# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')

تم حفظ نسخة من مجموعة البيانات في مجلد export على هيئة rds (بيانات مضغوطة لـ R) وأيضًا كملفات csv.

إعادة إنتاج الإصدارات القديمة من BAAD والورقة البحثية من علم البيئة

يمكنك إعادة إنتاج أي إصدار من BAAD عن طريق التحقق من الالتزام المناسب الذي تم إنشاؤه، أو باستخدام الروابط المتوفرة ضمن علامة تبويب الإصدارات. على سبيل المثال، لإعادة إنتاج الإصدار 1.0.0 من قاعدة البيانات، المطابق للورقة البحثية في علم البيئة والمخطوطة المقدمة إلى علم البيئة:

 git checkout v1.0.0

ثم في المدى R

 remake::make("export")
remake::make("manuscript")

المساهمة بالبيانات في BAAD

ونحن نرحب بمزيد من المساهمات في BAAD.

إذا كنت ترغب في المساهمة بالبيانات، فإن المتطلبات هي

1. البيانات التي تم جمعها هي للنباتات الخشبية
2. لقد قمت بجمع بيانات الكتلة الحيوية أو الحجم لعدة أفراد داخل النوع الواحد
3. لقد قمت بجمع إجمالي مساحة الورقة أو مقياس واحد للكتلة الحيوية على الأقل
4. كانت قياسات الكتلة الحيوية الخاصة بك (إن وجدت) من المحاصيل المباشرة، ولم يتم تقديرها عبر المعادلات التماثلية.
5. أنت على استعداد لنشر البيانات ضمن نطاق Creative Commons Zero للملكية العامة.

راجع هذه التعليمات حول كيفية إعداد وتقديم مساهمتك.

بمجرد المساهمة ببيانات إضافية كافية، نخطط لتقديم تحديث لورقة البيانات الأولى، ودعوة أي شخص ساهم منذ ورقة البيانات الأولى كمؤلفين مشاركين.

شكر وتقدير

نحن ممتنون للغاية لكل من ساهم بالبيانات. نود أيضًا أن نشيد بمصادر التمويل التالية لدعم تجميع البيانات. تم توظيف DS Falster وA. Vårhammer وDR Barneche في منحة اكتشاف ARC لـ Falster (DP110102086) ومنحة بدء تشغيل UWS إلى RA Duursma. تم دعم RG FitzJohn من قبل صندوق وقف العلوم والصناعة (RP04-174). تم دعم MI Ishihara من قبل صندوق تطوير البحوث والتكنولوجيا البيئية (S-9-3) التابع لوزارة البيئة، اليابان.