SIAR v4.2.4.XXXX
تحليل النظائر المستقرة في حزمة R
لا تستخدم هذه الحزمة SIAR!!!!
- هام: SIAR أصبح الآن غير موجود (ميت، ذهب، انتهى).
- يرجى استخدام عبوات SIBER لتركيب القطع الناقص والهياكل المحدبة.
- يرجى استخدام حزمة MixSIAR لتركيب نماذج الخلط التي تقدم أحدث مجموعة من الخيارات لتضمين المتغيرات المشتركة الخطية والتأثيرات العشوائية الهرمية من بين التطورات الجديدة الأخرى. يمكنك أيضًا استخدام الحزمة simmr لتركيب إصدارات بسيطة أو خفيفة من نماذج الخلط.
Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. تقسيم المصدر باستخدام النظائر المستقرة: التعامل مع الكثير من التباين. بلوس واحد، 5(3)، e9672 . دوي
الإصدار 4.2.4.XXXX
- لقد انتهى SIAR الآن.
- يرجى استخدام عبوات SIBER لتركيب القطع الناقص والهياكل المحدبة.
- يرجى استخدام حزمة MixSIAR لتركيب نماذج الخلط التي تقدم أحدث مجموعة من الخيارات لتضمين المتغيرات المشتركة الخطية والتأثيرات العشوائية الهرمية من بين التطورات الجديدة الأخرى. يمكنك أيضًا استخدام الحزمة simmr لتركيب إصدارات بسيطة أو خفيفة من نماذج الخلط.
الإصدار 4.2.4
- قم بإضافة وسيطة "color.src" (مع تعيين 20 لونًا مختلفًا كإعداد افتراضي) إلى وظائف "siarplotdatawrapper" و"siarplotdata"، بينما يمكن للمستخدم تعيين الألوان لعناصر المصدر بأنفسهم.
- تم تغيير الإخراج في وظيفة 'siarhdrs' من c("HDR منخفض 95%"، "عالي 95% HDR"، "الوضع"، "المتوسط") إلى c("Mean"، "SD"، "2.5%"، " 5%، "25%"، "50%"، "75%"، "95%"، "97.5%") كإعداد افتراضي.
- إضافة قيمة الإرجاع لوظيفة "siarhdrs".
الإصدار 4.2.3 20 فبراير 2018
- تم دمج الأخطاء من 4.2.2.9000.
- تم إصلاح الأخطاء المتعلقة بوضع العلامات على الفواصل الزمنية الموثوقة حسب
siarproportionbysourceplot
و siarproportionbygroupplot
.
الإصدار 4.2.2.9000 الإصلاح العاجل 28 مارس 2017
- التحديث إلى الحزمة
spatstat
كسر سيار. يتم تبديل هذا إلى spatstat.utils
في الإصلاح العاجل على الفرع الرئيسي.
إصلاحات الإصدار 4.2.2:
- خطأ في استدعاء .C() لمجموعة واحدة من بيانات المستهلك ينشأ بسبب عدم إجبار إطار البيانات تلقائيًا على التنسيق المزدوج. أصبح الإكراه الآن as.double(as.matrix(some.data)). يعالج هذا
error: not a matrix
إصلاحات الإصدار 4.2.1:
- خطأ في إجراءات SIBER في توزيعات Linux عند الاتصال بـ bayesm:rmultireg عبر siar:bayesMVN الذي تم رصده بواسطة https://github.com/lsaravia
- تعمل الآن وسيطة siardensityplot() الرئيسية = "my Awesome graph".
- عرض الأسطر في جميع ملفات *.Rd الآن ضمن حد 90 حرفًا لإنشاء ملف pdf.
- تنظيف بعض مثيلات مكالمات Quartz() التي لا يتم استخدامها بأي حال من الأحوال.
تثبيت SIAR
يمكنك التثبيت مباشرة من GitHub إذا كانت حزمة devtools مثبتة لديك. ولكن لا ينبغي لك حقا. لم تعد هذه الحزمة مدعومة أو مشجعة، وهي كذلك
library( devtools )
install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
library( siar )
الدروس والمساعدة والمساعدة
هناك مجموعة من المواد المتاحة لبدء استخدام SIAR مع روابط لأمثلة الملفات وملفات الفيديو الصوتية والبرامج التعليمية وما إلى ذلك... متاحة على http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar. PHP. يوجد أيضًا المزيد من الملفات والأمثلة على https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries وسأقوم بدمج هذه الملفات المتنوعة في git repo و/أو موقع git المصاحب في وقت ما في المستقبل. لاحظ أيضًا أنني أعمل حاليًا على تحديث رئيسي لـ SIBER والذي ستتم إزالته من حزمة SIAR في وقت ما https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.
شكر وتقدير
شكرًا لناتالي كوبر للمساعدة في تعليمات تثبيت Github ونصائح Git العامة!
المنشورات
Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R., & Bearhop, S. 2011. مقارنة عروض النظائر المتخصصة بين المجتمعات وداخلها: SIBER – Stable Isotope Bayesian Ellipses in R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. دوي
Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. تقسيم المصدر باستخدام النظائر المستقرة: التعامل مع الكثير من التباين. بلوس واحد، 5(3)، e9672 . دوي