intervene
vene-v0.6.5
أداة للتقاطع والتصور لمجموعات الجينات أو المناطق الجينومية المتعددة
تتوفر الوثائق التفصيلية بتنسيقات مختلفة: HTML | قوات الدفاع الشعبي | ePUB
conda install -c bioconda interveneسيؤدي هذا إلى تثبيت جميع التبعيات وستكون جاهزًا لاستخدام Intervene.
يمكنك تثبيت Intervene من PyPi باستخدام النقطة.
التثبيت من PyPi:
تثبيت النقطة يتدخل
ملحوظة: إذا قمت بالتثبيت باستخدام النقطة، فتأكد من تثبيت حزم BEDTools وR المذكورة أدناه.
يتطلب Intervene وحدات Python وحزم R التالية:
- بايثون (=> 3.3): https://www.python.org/
- BedTools (أحدث إصدار): https://github.com/arq5x/bedtools2
- pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
- الباندا (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
- سيبورن (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
- ص (>= 3.0): https://www.r-project.org/
- حزم R بما في ذلك UpSetR (v1.4.0)، وcorrplot
نحن نستخدم pybedtools، وهو عبارة عن غلاف Python لـ BEDTools. لذلك، يجب تثبيت BEDTools قبل استخدام Intervene. من المستحسن أن يكون لديك أحدث إصدار، ولكن إذا كان لديك إصدار أقدم مثبت بالفعل، فلا بأس بذلك.
تثبيت سريع، إذا كنت قد قمت بتثبيت كوندا.
conda install -c bioconda bedtoolsيرجى قراءة التعليمات الموجودة على https://github.com/arq5x/bedtools2 لتثبيت BEDTools، وتأكد من وجودها في المسار الخاص بك وأنك قادر على استدعاء bedtools من أي دليل.
يتطلب Intervene ثلاث حزم R، UpSetR، وcorrplot للتصور، وCairo لإنشاء أشكال متجهة وصورة نقطية عالية الجودة.
install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " )) يمكنك تثبيت إصدار تطوير باستخدام git من GitHub أو Bitbucket.
إذا كان لديك git مثبتًا، فاستخدم هذا:
git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist installإذا كان لديك git مثبتًا، فاستخدم هذا:
git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist installبمجرد تثبيت Intervene، يمكنك كتابة:
intervene --helpسيظهر هذا رسالة المساعدة التالية.
usage: intervene < subcommand > [options]
positional arguments < subcommand > :
{venn,upset,pairwise}
List of subcommands
venn Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
upset UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
pairwise Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show program ' s version number and exit لرؤية التعليمات الخاصة بالأوامر pairwise الثلاثة من نوع venn upset :
intervene pairwise --help
intervene venn --help
intervene upset --help لتشغيل Intervene باستخدام بيانات المثال، استخدم الأوامر التالية. للوصول إلى بيانات الاختبار، تأكد من أن لديك حق الوصول إلى sudo أو root .
intervene pairwise --test
intervene venn --test
intervene upset --test إذا قمت بتثبيت Intervene محليًا من التعليمات البرمجية المصدر، فقد تواجه مشكلة في العثور على بيانات الاختبار. يمكنك تنزيل بيانات الاختبار هنا https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data والإشارة إليها باستخدام -i بدلاً من --test .
./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bedأوامر الاختبار الثلاثة المذكورة أعلاه سوف تولد الأشكال الثلاثة التالية (أ، ب، ج).
افتراضيًا، سيتم تخزين نتائجك في دليل العمل الحالي بمجلد اسمه Intervene_results . إذا كنت ترغب في حفظ النتائج في مجلد معين، يمكنك كتابة:
التدخل منزعجًا --اختبار --output ~/path/to/your/folder
تطبيق Intervene Shiny متاح مجانًا على https://asntech.shinyapps.io/intervene أو https://intervene.shinyapps.io/intervene
الكود المصدري لتطبيق Shiny متاح على https://github.com/asntech/intervene-shiny
إذا كانت لديك أسئلة، أو وجدت أي خطأ في البرنامج، يرجى الكتابة إلينا على azez.khan[at]gmail.com
إذا كنت تستخدم Intervene، فيرجى الاستشهاد بنا: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7
