lightdock

1. ملخص

LightDock عبارة عن إطار عمل لرسو السفن من البروتين البروتين والببتيد والبروتين DNA استنادًا إلى خوارزمية Glowworm Swarm Optimization (GSO).

يتميز إطار عمل LightDock بأنه متعدد الاستخدامات، مع العديد من الخيارات التي يمكن للمستخدمين تطويرها وتحسينها: يمكنه قبول أي وظيفة تسجيل يحددها المستخدم، ويمكنه استخدام التصغير المحلي الخالي من التدرج، ويمكن تقييد المحاكاة من البداية للتركيز على مناطق التفاعل المخصصة للمستخدم، فهو يدعم قيود البقايا في كل من المستقبلات وشركاء الروابط .

2. المرجع

تم نشر بروتوكول LightDock والتحديثات للاستفادة من قيود البقايا في مجلة Oxford Bioinformatics. يرجى ذكر هذه المراجع إذا كنت تستخدم LightDock في بحثك:

LightDock: نهج جديد متعدد النطاق لرسو البروتين بالبروتين
بريان خيمينيز-غارسيا، وخورخي رويل-توريس، وميغيل روميرو-دورانا، وميكيل فيدال، ودانيال خيمينيز-غونزاليس، وخوان فرنانديز-ريسيو
المعلوماتية الحيوية ، المجلد 34، العدد 1، 1 يناير 2018، الصفحات 49-55، https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555

يعتمد LightDock على المعلومات
خورخي رويل توريس، وألكسندر إم جي جي بونفين، وبريان خيمينيز غارسيا
المعلوماتية الحيوية ، btz642؛ دوي: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642

النمذجة التكاملية لتجمعات البروتين المرتبطة بالغشاء
خورخي رويل-توريس، وبريان خيمينيز-غارسيا، وألكسندر إم جيه جيه بونفين
نات كومون 11 ، 6210 (2020)؛ دوى: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5

3. التثبيت

برنامج Lightdock متوافق وتم اختباره مع أنظمة التشغيل التالية:

• نظام التشغيل Mac : إل كابيتان، سييرا، هاي سييرا، موهافي، كاتالينا.
• جنو/لينكس : Ubuntu 16+، Debian Stretch+، Scientific Linux 6+، CentOS 6+.
• متوافق بنسبة 100% مع منصة Google Colab

Microsoft Windows غير مدعوم رسميًا، على الرغم من إمكانية تشغيل العديد من أجزاء البروتوكول. يرجى استخدامه على مسؤوليتك الخاصة. إذا كنت ترغب في المساهمة في اختبار LightDock لنظام التشغيل Windows وتطويره، فيرجى الاتصال بنا.

3.1. التبعيات

لدى LightDock التبعيات التالية:

• نامبي (http://www.numpy.org/)
• سكيبي (http://www.scipy.org/)
• سايثون (http://cython.org/)
• برودي (http://prody.csb.pitt.edu/)
• فريساسا (http://freesasa.github.io/)

التبعيات الاختيارية هي:

• MPI4py (إذا كنت تخطط لاستخدام دعم MPI، http://pythonhosted.org/mpi4py/)

3.2. قم بتثبيت LightDock

أسرع طريقة لتثبيت LightDock هي استخدام pip :

pip install lightdock

4. التنمية

لتطوير وتوسيع كود LightDock، يرجى اتباع التعليمات التالية:

4.1. استنساخ

استنساخ هذا المستودع:

git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git

4.2. تجميع امتدادات Python C وCython

الرجاء التأكد من تثبيت التبعيات بالفعل (عبر النقطة، ومدير الحزم، وما إلى ذلك):

• numpy>=1.17.1
• سكيبي>=1.3.1
• سيثون> = 0.29.13
• برودي>=1.10.11
• freesasa>=2.0.3

يوصى بإنشاء بيئة افتراضية وتثبيتها:

virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .

إذا لم تكن تستخدم النقطة أو أدوات الإعداد للتطوير، فهناك برنامج نصي bash لتجميع جميع الامتدادات:

 cd lightdock
./setup.sh

4.3. أضف Lightdock إلى مسارك

أضف الأسطر التالية إلى ملف ~/.bashrc الخاص بك، ولا تنسَ تغيير /path/to/lightdock :

 # LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME

لا تنس تطبيق التغييرات:

 source ~ /.bashrc

4.4. اختبار

يمكنك تشغيل اختبارات LightDock:

 cd lightdock
nosetests

5. التوثيق

يمكن العثور على الوثائق الكاملة حول كيفية تشغيل بروتوكول LightDock والعديد من البرامج التعليمية وحالات الاستخدام على https://lightdock.org/tutorials.

6. احصل على المساعدة

يتم تطوير LightDock بشكل نشط وقد تظهر بعض المشكلات أو قد تحتاج إلى مساعدة إضافية لتشغيل LightDock. في هذه الحالات، هناك طريقتان رئيسيتان للحصول على المساعدة:

1. اقرأ الأسئلة الشائعة في حالة الإبلاغ عن مشكلتك بالفعل
2. افتح قضية جديدة في هذا المستودع
3. أو أرسل بريدًا إلكترونيًا إلى [email protected] (سنبذل قصارى جهدنا للإجابة على أسئلتك في أقرب وقت ممكن)

7. الترخيص

LightDock متاح بموجب ترخيص GPLv3. راجع وثيقة الترخيص لمزيد من التفاصيل.