IDSL.CSA

idsl.csa

تم تطوير حزمة تحليل الأطياف المركبة (IDSL.CSA) لتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي من قبل مختبر علوم البيانات المتكامل لعلم الأيض والمعارض (IDSL.ME) . يمكن استخدام هذه الحزمة لتفكيك أطياف التجزئة التي تم الحصول عليها من خلال طرق تحليلية مختلفة مثل تحليل أطياف الأطياف المركب MS1 فقط ( CSA ) ، والاستحواذ المعتمد على البيانات ( DDA ) ، وطرق الاستحواذ المستقلة بين البيانات ( DIA ) بما في ذلك MS ^E ، وتجزئة All-ion (AIF) ، وتحليلات Swath-MS. الهدف من حزمة IDSL.CSA هو المساعدة في تبسيط عملية تحليل البيانات وتحسين شرح البنية الكيميائية الشاملة في مجالات الأيض والمعارض.

جدول المحتويات

• ميزات idsl.csa
• تثبيت
• سير العمل
• مثال سريع الدفعة
• ويكي
• اقتباس

ميزات idsl.csa

1. اختيار المعلمة من خلال جدول بيانات معلمة سهلة الاستخدام وموصوفة جيدًا
2. الذروة الكشف عن الذروة وتوضيح الكروماتوجرام لتحليلات بيانات التجزئة المختلفة بما في ذلك تحليل الأطياف المركبة (CSA) ، والاستحواذ المعتمد على البيانات (DDA) ، والاستحواذ المستقل للبيانات (DIA)
3. تحليل حجم السكان غير المستهدفة (ن> 500)
4. تجميع الهياكل الكيميائية المشروحة على جدول الذروة المحاذاة باستخدام المتغيرات الوصفية مثل Inchikey ، Smiles ، نوع السلائف ، الصيغة الجزيئية ، ... اعتمادًا على المعلومات في المكتبة المرجعية. هذه ميزة فريدة من نوعها لا يتم تقديمها إلا بواسطة IDSL.CSA. للتعرف على ميزة قياس الطيف الكتلي الإحصائي هذه ، جرب param0006 في علامة التبويب Start في جدول بيانات IDSL.CSA.
5. توليد دفعة غير مستهدفة محاذاة محاذاة chromatograms (EIC) لتحليلات DIA و CSA بالإضافة إلى توليد أشكال أطياف الدفعة DDA.
6. المعالجة الموازية في بيئات Windows و Linux
7. التكامل مع سير عمل IDSL.FSA للتعليق على أنواع مختلفة من ملفات MSP وإنشاء مكتبات التجزئة.

تثبيت

 install.packages("IDSL.CSA")

سير العمل

قبل معالجة بيانات قياس الطيف الكتلي ( MZXML ، MZML ، NETCDF ) باستخدام سير عمل IDSL.CSA ، يجب معالجة بيانات قياس الطيف الكتلي باستخدام سير عمل IDSL.IPA لاكتساب معلومات كروماتوجرافية للذروة ( M/Z-RT ). عندما تم إنشاء المعلومات الكروماتوغرافية لروابط الذروة المحاذاة الفردية والمجمعة باستخدام سير عمل IDSL.IPA ، قم بتنزيل جدول بيانات معلمة IDSL.CSA وحدد المعلمات وفقًا لذلك ثم استخدم جدول البيانات هذا كمدخلات لسير سير عمل IDSL.CSA:

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

مثال سريع الدفعة

اتبع الخطوات هذه لدراسة حالة سريعة (ن = 33) ST002263 والتي لديها بيانات دقة HF Hybrid Orbitrap التي تم جمعها في أوضاع HILIC-ESI-POS/NEG.

1. معالجة بيانات قياس الطيف الكتلي الخام والمعلومات الكروماتوغرافية باستخدام الطريقة الموضحة لـ idsl.ipa

2. يتطلب تحليل الأطياف المركبة 39 معلمة موزعة في 5 أقسام منفصلة لتحليل واسع النطاق. بالنسبة لهذه الدراسة ، استخدم قيم المعلمة الافتراضية المقدمة في جدول بيانات IDSL.CSA. بعد ذلك ، قدم معلومات ل

   2.1. حدد نعم لـ param0001 في علامة التبويب Start لعملية سير عمل CSA فقط.

   2.2. CSA0005 لعنوان موقع بيانات بيانات HRMS (بيانات HRMS مستوى MS1)

   2.3. CSA0008 لعنوان دليل peaklists الذي تم إنشاؤه بواسطة سير عمل IDSL.IPA

   2.4. CSA0009 لعنوان دليل peak_alignment الذي تم إنشاؤه بواسطة سير عمل idsl.ipa

   2.5. CSA0011 لموقع الإخراج (ملفات. MSP و EIC)

   2.6. يمكنك أيضًا زيادة عدد مؤشرات ترابط المعالجة باستخدام CSA0004 وفقًا لقوتك الحسابية

3. قم بتشغيل هذا الأمر في وحدة التحكم R/RSTUDIO أو المحطة الطرفية:

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

4. يمكنك تحليل النتائج على العنوان الذي قدمته لـ CSA0011 .

   4.1. يتضمن CSA_MSP ملف .MSP

   4.2. يتضمن csa_adduct_annotation قوائم الذروة مع معلومات adduct المحتملة

   4.3. يتضمن peak_alignment_subset مجموعات فرعية من جداول الذروة المحاذاة للأيونات الرئيسية في كل مجموعة CSA

   4.4. يتضمن aligned_spectra_table معلومات لتجميع CSA على الجدول المحاذاة

ويكي

1. تحليل CSA بواسطة idsl.csa
2. تحليل DDA بواسطة idsl.csa
3. تحليل DIA بواسطة idsl.csa
4. تجميع أطياف فريدة من نوعها

اقتباس

[1] فاكوري بايجي ، س. ، كومار ، ي. الكيمياء التحليلية ، 2023 ، 95 (25) ، 9480-9487.

[2] Fakouri Baygi ، S. ، Kumar ، Y. Barupal ، DK IDSL. يصف IPA المساحة الكيميائية العضوية في مجموعات بيانات LC/HRMS غير المستهدفة. Journal of Proteome Research ، 2022 ، 21 (6) ، 1485-1494.