kma

ابقني حول ( kma ): اكتشاف الاحتفاظ بالإنترون

kma هي حزمة R تؤدي تقدير الاحتفاظ بالإنترون واكتشافها باستخدام النسخ المتماثلة البيولوجية وإعادة أخذ العينات. يمكن دائمًا العثور على الرمز المحدث على https://github.com/pachterlab/kma

تثبيت

للتثبيت ، تأكد أولاً من أن لديك الحزم المطلوبة:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

يمكنك بعد ذلك تثبيت الحزمة باستخدام devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

على افتراض أن كل شيء يسير على ما يرام ، تحميل kma :

 library("kma")

درس تعليمي

بعد تثبيته ، يرجى الاطلاع على المقالة القصيرة في R:

 vignette("kma")

الحشرات وطلبات الميزات

يرجى تقديم هذه على github.

العمل المستقبلي

• أدوات التخطيط لتحليل الاستكشافي الإضافي
• توفير تحليل استخدام intron التفاضلي بين الظروف التجريبية
  • لدينا حاليًا بعض الأفكار حول كيفية القيام بذلك ومن المحتمل أن ننفذها قريبًا
• توفير تحليل السلاسل الزمنية

المؤلفون

تم تطوير البرنامج بواسطة هارولد بيمنتيل. تم تطوير الأساليب مع Lior Pachter و John Conboy.

أدوات المصدر المفتوح ذات الصلة

ستجد أدناه قائمة بالأدوات ذات الصلة وكيف تختلف عن kma .

Dexseq

Dexseq مهتم بالاستخدام التفاضلي عبر المناطق الوراثية. نتيجة لذلك ، لا يحدد ما إذا كان يتم استخدام intron "(نسبة إلى تعبير Transript) ، ببساطة أنه" يستخدم تفاضليًا ".

ميسو

يمكن لـ MISO حساب النسبة المئوية intronic في (PSI) ، على الرغم من أنها تتطلب حاليًا شرحًا معدّلًا من موقعه على الويب. يمكن kma حاليًا العمل مع أي تعليق توضيحي ، حيث ستتم معالجة التعليقات التوضيحية أثناء خطوة ما قبل المعالجة. أيضا ، لا يوفر MISO حاليًا ملحقًا مدمجًا للتكرار.