bx python

Bx-Python

مشروع BX-Python هو مكتبة Python ومجموعة من البرامج النصية المرتبطة بالتنفيذ السريع لتحليلات مقياس الجينوم. تحتوي المكتبة على مجموعة متنوعة من الوحدات النمطية المفيدة ، ولكن نقاط القوة الخاصة هي:

• دروس للقراءة والعمل مع محاذاة محلية متعددة على نطاق الجينوم (في تنسيقات MAF و AXT و LAV)
• بنية البيانات العامة للفهرسة على ملفات القرص التي تحتوي على كتل من البيانات المرتبطة بفواصل زمنية على تسلسلات مختلفة (المستخدمة ، على سبيل المثال ، لتوفير وصول عشوائي إلى المحاذاة الفردية في الملفات الضخمة ؛ محسّن للاستخدام عبر ملفات الشبكة)
• هياكل البيانات للعمل مع فترات على التسلسل
  • "Binned Bitsets" التي تعمل تمامًا مثل صفائف بت حجم الكروموسوم ، ولكن تخصيص مناطق بتكاسل وتسمح بتخزين كتل كبيرة من جميع الأجزاء المحددة أو جميع الأجزاء غير المريحة بشكل مضغوط
  • "المتقاطع" لإجراء اختبارات التقاطع السريع التي تحافظ

متطلبات

يتطلب Build حاليًا liblzo ، eg sudo apt-get install liblzo2-dev على debian/ubuntu).

التثبيت

يمكن تثبيت الحزمة مع PIP:

pip install bx-python

وهي متوفرة في Bioconda (موصى بها):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

وهي متوفرة في دبيان وأوبونتو:

sudo apt install python3-bx

أو يمكن بناؤها من الخروج من المستودع:

python setup.py install