ViMO

فيمو

يعد Visualizer for Meta-OMICS (VIMO) تطبيقًا تفاعليًا قائمًا على R-shiny لتسهيل تكامل البيانات بين Metagenomics و Metatranscriptomics و Metaproteomics. في الوقت نفسه ، تهدف VIMO إلى تزويد المستخدم بتمثيلات رسومية تفاعلية وجاهزة للمنشورات وذات صلة بالبيانات.

يمكن الوصول إلى Vimo عبر الإنترنت هنا:
https://magnusarntzen.shinyapps.io/visualizerformetaomics/

VIMO دمج البيانات من

• metagenomics
• metatranscriptomics
• metaproteomics
• تصنيف
• مقاييس الجودة
• وظائف KEGG وإكمال الوحدة النمطية
• الإنزيمات النشطة للكربوهيدرات (الكازيمات)

فيمو يصنع مخططات:

• جودة ماج
• ماج وفرة في مختلف الملفات
• فئات الكازيم في مختلف أكواب ووفرةها على مستوى النسخ والبروتين
• فئات KEGG في مختلف MAGS ووفرةها على مستوى النسخ والبروتين
• كسور إكمال وحدة KEGG لرؤية الإمكانات الأيضية لكل ماج

بعض الإخراج على سبيل المثال:

تقارير الأخطاء

يرجى الإبلاغ عن الأخطاء من خلال نظام قضايا github.

حقوق الطبع والنشر (C) 2023 ، Magnus Arntzen ، الجامعة النرويجية لعلوم الحياة