Muskel

Muscle ist eine weit verbreitete Software zur Erstellung mehrerer Alignments biologischer Sequenzen.

Muscle erzielt die höchsten Ergebnisse bei den Benchmark-Tests Balibase, Bralibase und Balifam und lässt sich auf einem handelsüblichen Desktop-Computer auf Tausende von Sequenzen oder Strukturen skalieren.

Muskel unterstützt die Generierung eines Ensembles alternativer Ausrichtungen mit der gleichen hohen Genauigkeit, die mit Standardparametern erreicht wird. Durch den Vergleich nachgelagerter Vorhersagen aus verschiedenen Ausrichtungen, beispielsweise Bäumen, kann ein Biologe die Robustheit von Schlussfolgerungen gegenüber Ausrichtungsschwankungen bewerten, die durch Mehrdeutigkeiten und Fehler verursacht werden.

Ausrichtung mehrerer Strukturen

Struktur-Alignment („Muscle-3D“) wird ebenso unterstützt wie herkömmliches Aminosäuresequenz-Alignment. Die Eingabe für die Strukturausrichtung ist eine „Mega“-Datei, die mit dem Befehl pdb2mega von reseek (https://github.com/rcedgar/reseek) generiert wird.

 # für bis zu ~100 Strukturen
reseek -pdb2mega STRUCTS -output structs.mega
Muskel -align structs.mega -output structs.afa

# für bis zu ~10.000 Strukturen
reseek -convert STRUCTS -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -output structs.distmx
Muskel -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

Downloads und Installation

Binärdateien sind in sich geschlossen und haben keine Abhängigkeiten. Laden Sie zur Installation die Binärdatei herunter und stellen Sie sicher, dass das Ausführungsbit gesetzt ist.

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

Dokumentation

Homepage von Muscle v5
Handbuch

Muskelaufbau aus der Quelle

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

Referenzen

Edgar RC., Muscle5: Hochpräzise Alignment-Ensembles ermöglichen unvoreingenommene Bewertungen der Sequenzhomologie und Phylogenie. Nature Communications 13.1 (2022): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

Edgar RC. und Tolstoi I., Muscle-3D: skalierbare Ausrichtung mehrerer Proteinstrukturen (2024) BioRxiv .