Gehen Sie zur NCBI-Website: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Durchsuchen Sie Ihren Organismus wie im roten rechteckigen Feld in Abb. 1 gezeigt nach Fusarium
Die Suchergebnisse werden in verschiedenen Kategorien angezeigt (Abb. 1)
Klicken Sie auf die Genomes-Datenbank, wie durch das rote Sechseck in Abb. 1 angezeigt
Abbildung 1: Durchsuchen Sie Ihren Organismus in der NCBI-Datenbank.
Sie werden etwas wie Abb. 2 sehen
Markieren Sie das Montagekästchen, wie durch den roten Kreis in Abb. 2 angezeigt
Klicken Sie auf die Registerkarte „Spalten auswählen“, wie durch das rote Rechteck in Abb. 2 angezeigt
Abbildung 2: Wählen Sie die Metadaten aus, die Sie interessieren.
Abbildung 3: Verfügbare Metadaten.
Klicken Sie auf die Registerkarte „Download“, wie durch den roten Kreis in Abb. 4 angezeigt
Wählen Sie im Dropdown-Menü die Option Tabelle herunterladen aus
Wählen Sie das Format „Tabulatorgetrennte Werte“ (TSV) aus
Klicken Sie auf Herunterladen
Abbildung 4: Laden Sie die Metadaten herunter.
Eine TSV-Datei mit den Metadaten wird heruntergeladen.
Sie können die TSV-Datei wie in Abb. 5 in Excel öffnen.
Abbildung 5: Metadatenblatt.
Jetzt haben Sie eine Excel-Tabelle mit den Metadaten aller verfügbaren Genomsequenzen von Fusarium.
Sie können diese Informationen sortieren und die Baugruppennummern auswählen, die Sie herunterladen möchten.
Sehen Sie sich dieses Tutorial zum automatischen Herunterladen von Genomsequenzen an:
https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically
