emmaa

EMMAA

EMMAA ist ein Ökosystem maschinell verwalteter Modelle mit automatisierter Analyse. Die primäre Möglichkeit für Benutzer, mit EMMAA zu interagieren, ist die Verwendung des EMMAA-Dashboards, auf das hier zugegriffen werden kann.

Dokumentation

Eine ausführliche Dokumentation von EMMA finden Sie unter http://emmaa.readthedocs.io. Die Dokumentation enthält drei Hauptabschnitte:

• Eine konzeptionelle Beschreibung der EMMAA-Architektur und des EMMAA-Ansatzes
• Eine Einführung in das EMMAA-Dashboard
• Eine Dokumentation der gesamten EMMAA-Codebasis auf Modulebene, die direkt mit dem Quellcode auf Github verknüpft ist

Konzept

Die Hauptidee von EMMAA besteht darin, eine Reihe von Rechenmodellen zu erstellen, die durch automatisiertes maschinelles Lesen, Wissensassemblierung und Modellgenerierung auf dem neuesten Stand gehalten werden. Jedes Modell beginnt mit einem vorherigen Netzwerk relevanter Konzepte, die durch eine Reihe bekannter Mechanismen verbunden sind. Diese Mechanismen werden dann erweitert, indem täglich Literatur oder andere Informationsquellen gelesen, ermittelt wird, wie sich neue Informationen auf das vorhandene Modell beziehen, und das Modell dann mit den neuen Informationen aktualisiert wird.

Es stehen auch Modelle für die automatisierte Analyse zur Verfügung, bei denen relevante Abfragen, die in den Geltungsbereich jedes Modells fallen, automatisch strukturellen und dynamischen Analyseverfahren des Modells zugeordnet werden können. Dies ermöglicht das Erkennen und Melden von Änderungen am Modell, die zu sinnvollen Änderungen der Analyseergebnisse führen.

Anwendungen

Der Hauptanwendungsbereich von EMMAA ist die Molekularbiologie von Krebs, es kann jedoch auch auf andere Bereiche angewendet werden, die das INDRA-System und die in INDRA integrierten Lesesysteme verarbeiten können.

Installation

Benutzer interagieren mit EMMAA hauptsächlich über das Dashboard, für das keine Abhängigkeiten installiert werden müssen.

Gehen Sie wie folgt vor, um den programmatischen Zugriff auf die Funktionen von EMMAA lokal einzurichten:

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

Eine Docker-Version von EMMAA ist unter https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa verfügbar und kann als heruntergeladen werden

 docker pull labsyspharm/emmaa

Finanzierung

Die Entwicklung von EMMAA wird im Rahmen des DARPA Automating Scientific Knowledge Extraction (ASKE)-Programms unter der Auszeichnung HR00111990009 finanziert.