URD
Version 1.1.1
URD ist ein R-Paket zur Rekonstruktion von Transkriptionsverläufen, die Spezifikations- oder Differenzierungsprozessen zugrunde liegen, in Form eines Verzweigungsbaums unter Verwendung von RNA-Sequenzierungsdaten einzelner Zellen. Es ist nach der nordischen mythologischen Figur benannt, die den Weltenbaum pflegt und über alle Schicksale entscheidet.
URD wird beschrieben in:
Einzelzellrekonstruktion von Entwicklungsverläufen während der Embryogenese von Zebrafischen.
Farrell JA & Wang Y (gleicher Beitrag), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A & Schier AF (gleicher Beitrag).
Wissenschaft 26. April 2018. doi: 10.1126/science.aar3131
Schauen Sie sich zum Einstieg das Schnellstart-Tutorial an: (Anzeigen) (Herunterladen)
Die vollständige ergänzende Analyse von Farrell & Wang et al. Es ist ebenfalls verfügbar, das die Rekonstruktion von Entwicklungsverläufen während der Embryogenese von Zebrafischen (3,3–12 Stunden nach der Befruchtung) beschreibt.
Die vollständige ergänzende Analyse von Siebert, Farrell et al. Es ist ebenfalls verfügbar, das die Rekonstruktion von Entwicklungsverläufen bei der erwachsenen Hydra beschreibt.
Ein Tutorial zum Plotten der verarbeiteten Daten von Siebert, Farrell et al. (siehe unten zum Download) ist hier verfügbar
Das verarbeitete URD-Objekt aus der Embryogenese des Zebrafisches (3,3 – 12 Stunden nach der Befruchtung) von Farrell & Wang et al. kann vom Broad Single-Cell Portal heruntergeladen werden (Anmeldung erforderlich).
Die verarbeiteten URD-Objekte der erwachsenen Hydra von Siebert, Farrell et al. kann vom Broad Single-Cell Portal (Anmeldung erforderlich) oder von Data Dryad heruntergeladen werden.
Detaillierte Änderungen und Nebenversionen sind in NEWS.md aufgeführt
Version 1.1 veröffentlicht! Dazu gehören neue Funktionen zur Verwendung der NMF-Modulanalyse zum Erkennen und Entfernen von Dubletts, neue Funktionen zur Betrachtung der Genexpression relativ zur Pseudozeit und neue Plotfunktionen zur Untersuchung von Daten. Es begleitet die Veröffentlichung Stammzelldifferenzierungstrajektorien in Hydra, aufgelöst bei Einzelzellauflösung.
Version 1.0 veröffentlicht! Es begleitet unser Manuskript Einzelzellrekonstruktion von Entwicklungsverläufen während der Embryogenese von Zebrafischen!
