igv.js
3.0.8
igv.js ist eine einbettbare interaktive Genomvisualisierungskomponente, die vom Integrative Genomics Viewer (IGV)-Team entwickelt wurde.
James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js: eine einbettbare JavaScript-Implementierung des Integrative Genomics Viewer (IGV), Bioinformatics, Band 39, Ausgabe 1, Januar 2023, btac830, https://doi. org/10.1093/bioinformatics/btac830
Nachfolgend finden Sie Beispiele und eine Kurzanleitung. Weitere Dokumentation finden Sie in der Entwicklerdokumentation.
Ausrichtungen
Interaktionen
Nummer kopieren
Mehrere Regionen
Mutation Annotation Format (MAF)
Verschiedene Farboptionen
Mehr
igv.js besteht aus einer einzelnen Javascript-Datei ohne externe Abhängigkeiten.
Vorgefertigte Dateien für Skripte, AMD- oder CJS-Modulsysteme (igv.min.js) und ein ES6-Modul (igv.esm.min.js) können von https://cdn.jsdelivr.net/npm/ heruntergeladen werden. [email protected]/dist/.
Um igv als ES6-Modul zu importieren
igv importieren von „https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js“
Oder als Skript-Include (definiert das „igv“ global)
Alternativ können Sie mit npm installieren
npm install igv
und beziehen Sie die entsprechende Datei für Ihr Modulsystem (igv.min.js oder igv.esm.min.js) in node_modules/igv/dist.
Um einen igv.js -Browser zu erstellen, geben Sie der Funktion igv.createBrowser(div, config) ein Container-Div und eine Anfangskonfiguration an, die das Referenzgenom, die Anfangsspuren und andere Zustände definiert.
Diese Funktion gibt ein Versprechen für ein igv.Browser-Objekt zurück, das zur Steuerung des Browsers verwendet werden kann. So öffnen Sie beispielsweise einen Browser für eine einzelne Ausrichtungsspur, die an einem bestimmten Ort geöffnet ist:
var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
var options =
{
genome: "hg38",
locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
tracks: [
{
"name": "HG00103",
"url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
"format": "cram"
}
]
};
igv.createBrowser(igvDiv, options)
.then(function (browser) {
console.log("Created IGV browser");
})Die vollständige Dokumentation der igv.js-API ist unter https://igv.org/doc/igvjs/ verfügbar.
Für die Erstellung von igv.js und die Ausführung der Beispiele ist Linux oder MacOS erforderlich. Andere Unix-Umgebungen werden wahrscheinlich funktionieren, wurden aber nicht getestet.
Windows-Benutzer können das Windows-Subsystem für Linux verwenden.
Für die Erstellung von igv.js und die Ausführung der Beispiele ist node.js erforderlich.
git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git cd igv.js npm install npm run build
Dadurch wird ein dist-Ordner mit den folgenden Dateien erstellt
igv.js – UMDS-Datei für Skript-Include-, AMD- oder CJS-Module. Ein Skript-Include definiert ein „igv“-Global.
igv.min.js – minimierte Version von igv.js
igv.esm.js – ES6-Modul
igv.esm.min.js – minimierte Version von igv.esm.js
Um die Tests über die Befehlszeile auszuführen
npm run test
Um die Beispiele auszuführen, installieren Sie http-server.
Starten Sie http-server aus dem Stammverzeichnis des Projekts
npx http-server
Öffnen Sie dann http://localhost:8080/examples in einem Webbrowser.
igv.js erfordert einen modernen Webbrowser mit Unterstützung für Javascript ECMAScript 2015 (ES6).
igv.js ist MIT-lizenziert.
