scMulan

scMulan

Willkommen im Repository für scMulan_v1 mit unserer bevorstehenden Arbeit: „scMulan: A Multitask Generative Pre-trained Language Model for Single-Cell Analysis.“

Wir stellen vor: scMulan

scMulan ist ein bahnbrechendes Grundlagenmodell für die Analyse der Einzelzell-Transkriptomik.
Merkmale:

• Zero-Shot-Anmerkung von Zelltypen: Klassifizieren Sie Zelltypen mühelos ohne vorherige Schulung oder Referenzzuordnung.
• Zero-Shot-Batch-Integration: Integrieren Sie Daten aus verschiedenen Chargen nahtlos.
• Bedingte Zellgenerierung: Unterstützt die Simulation von In-silico-Störungen.

Installation

 conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt

Schnellstart

Laden Sie die ckpt-Datei herunter und legen Sie sie unter ./ckpt/ ab.
Bereiten Sie Ihre Test-Adata-Datei vor und beginnen Sie mit der Verwendung von scMulan

Tutorials

Wir haben ein Tutorial zur Verwendung von scMulan für die Annotation von Zelltypen bereitgestellt (siehe Tutorial). Derzeit unterstützt scMulan die Zero-Shot-Annotation menschlicher Zelltypen in sieben Organen, darunter Herz, Lunge, Leber, Knochenmark, Blut, Gehirn und Thymusdrüse.

Es könnte auch verwendet werden, um Zelleneinbettungen für die Batch-Integration zu erhalten (siehe Tutorial). Sie können Ihre Daten ganz einfach nutzen und Analysen von scMulan erhalten.

scMulan unterstützt jetzt Inferenz auf NPU.

Danksagungen

• minGPT
• Flash-Aufmerksamkeit
• spärlich
• scib