xyz2mol

xyz2mol wurde jetzt in RDKit implementiert

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

Konvertieren Sie kartesische Koordinaten in einen oder mehrere molekulare Graphen

Bei gegebenen kartesischen Koordinaten in Form einer .xyz Datei erstellt der Code eine Liste mit einem oder mehreren Moleküldiagrammen. In Fällen, in denen es mehrere mögliche Resonanzformen gibt, gibt xyz2mol eine Liste aller zurück, andernfalls nur eine Liste.

Dieser Code basiert auf der Arbeit von DOI: 10.1002/bkcs.10334

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

Aufstellen

Hängt von rdkit , numpy und networkx ab. Am einfachsten über Anaconda/Conda einzurichten:

conda install -c conda-forge xyz2mol

Das Setup für eine eigenständige Umgebung ist über Makefile verfügbar. Zum Einrichten und Testen einfach das Projekt klonen und erstellen.

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

und führen Sie dann Folgendes im Ordner xyz2mol aus

 make
make test

Beachten Sie, dass es auch möglich ist, den Code ohne die networkx Abhängigkeiten auszuführen, dies ist jedoch langsamer.

Beispielverwendung

Lesen Sie die xyz-Datei ein und drucken Sie die SMILES aus, aber kodieren Sie die Chiralität nicht.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

xyz-Datei einlesen und SDF-Format ausdrucken, in einer Datei speichern

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

Lesen Sie die xyz-Datei mit einer Gebühr ein und drucken Sie die SMILES aus

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

Abhängigkeiten:

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx