baad
veau2002, dictionary
Die Biomass And Allometry Database (BAAD) enthält Daten zum Aufbau von Holzpflanzen auf der ganzen Welt. Diese Daten wurden aus über 170 veröffentlichten und unveröffentlichten wissenschaftlichen Studien gesammelt, von denen die meisten zuvor nicht öffentlich zugänglich waren. Wir hoffen, dass die Bereitstellung dieser Daten unsere Fähigkeit verbessern wird, das Pflanzenwachstum, die Ökosystemdynamik und den Kohlenstoffkreislauf in der Holzvegetation der Welt zu verstehen. Der Datensatz wird in der Veröffentlichung näher beschrieben
Falster, DS, RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van Breugel, J. Camac, Y. Claveau, L. Coll, M. Dannoura, S. Delagrange, JC Domec, F Fatemi, W Feng, V Gargaglione, Y Goto, A Hagihara, JS Hall, S Hamilton, D Harja, T Hiura, R Holdaway, LS Hutley, T Ichie, EJ Jokela, A Kantola, JW G Kelly, T Kenzo, D King , BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, L Markesteijn, J Marshall, K McCulloh, I Miyata, K Mokany, S Mori, RW Myster, M Nagano, SL Naidu, Y Nouvellon, AP O'Grady, KL O'Hara, T Ohtsuka, N Osada, OO Osunkoya, PL Peri , AM Petritan, L. Poorter, A. Portsmuth, C. Potvin, J. Ransijn, D. Reid, SC Ribeiro, SD Roberts, R. Rodríguez, A. Saldaña-Acosta, I. Santa-Regina, K. Sasa, NG. Selaya, SC Sillett, F. Sterck, K. Takagi, T. Tange, H. Tanouchi, D. Tissue, T. Umehara, H. Utsugi, MA Vadeboncoeur, F. Valladares , P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes, A Yamaba, T Yamada, T Yamakura, RD Yanai und RA York (2015) BAAD: eine Biomasse- und Allometriedatenbank für Holzpflanzen. Ökologie 96 : 1445–1445. 10.1890/14-1889.1
Zum Zeitpunkt der Veröffentlichung enthielt der BAAD 258.526 Messungen aus 175 verschiedenen Studien von 20.950 Individuen aus 674 Arten. Einzelheiten zu einzelnen Studien, die zum BAAD beigetragen haben, finden Sie in diesen Online-Berichten.
Die Daten in BAAD werden im Rahmen der Creative Commons Zero Public Domain-Verzichtserklärung veröffentlicht und können daher ohne Einschränkung wiederverwendet werden. Um die Arbeit zu würdigen, die in den Aufbau der Datenbank geflossen ist, bitten wir Sie, den oben genannten Artikel zu zitieren, oder, wenn Sie Daten aus nur einer oder wenigen Einzelstudien verwenden, die Originalartikel, wenn Sie dies bevorzugen.
Es gibt zwei Möglichkeiten, innerhalb von BAAD auf Daten zuzugreifen.
Sie können eine kompilierte Version der Datenbank herunterladen von:
R .Die Datenbank enthält die folgenden Elemente
data : zusammengeführter Datensatz (Tabelle) mit Spalten wie im dictionary definiertdictionary : eine Tabelle mit Variablendefinitionenmetadata : eine Tabelle mit den Spalten „Studienname“, „Thema“, „Beschreibung“, die schriftliche Informationen zu den Methoden enthält, die zum Sammeln der Daten verwendet werdenmethods : eine Tabelle mit Spalten wie in Daten, die jedoch einen Code für die Methoden enthält, die zum Sammeln der Daten verwendet werden. Codes finden Sie unter config/methodsDefinitions.csv.references : als Übersichtstabelle und Bibtex-Einträge, die die Primärquelle für jede Studie enthaltencontacts : Tabelle mit Kontaktinformationen und Zugehörigkeiten für jede Studie. Diese Elemente sind unter den beiden oben genannten Links als Reihe von CSV- und Textdateien verfügbar. Wenn Sie R verwenden, ist der Zugriff auf Daten bei weitem der beste über unser Paket baad.data. Nach der Installation des Pakets (Anleitung hier) können Benutzer es ausführen
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )um die Version der gespeicherten Ökologischen Archive herunterzuladen, oder
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )um eine frühere oder neuere Version herunterzuladen (wobei die Versionsnummern den semantischen Versionierungsrichtlinien folgen). Das Paket baad.data speichert alles im Cache, sodass nachfolgende Aufrufe, auch sitzungsübergreifend, sehr schnell erfolgen. Dies sollte eine bessere Reproduzierbarkeit ermöglichen, indem es einfacher ist, sich darauf zu verlassen die für eine bestimmte Analyse verwendete Version und ermöglicht es verschiedenen Analysen, unterschiedliche Versionen der Datenbank zu verwenden.
Weitere Details zu den verschiedenen Versionen und Änderungen zwischen den Versionen finden Sie auf der Github-Release-Seite und im CHANGELOG.
Der BAAD ist als lebendige Datenbank konzipiert – wir werden in regelmäßigen Abständen Veröffentlichungen veröffentlichen, sobald wir weitere Daten hinzufügen. Diese Aktualisierungen entsprechen Änderungen der Versionsnummer dieser Ressource, und jede Version der Datenbank wird auf Github und über das Paket baad.data verfügbar sein. Wenn Sie diese Ressource für eine veröffentlichte Analyse verwenden, notieren Sie bitte die Versionsnummer in Ihrer Veröffentlichung. Dies wird es in Zukunft jedem ermöglichen, genau die gleiche Version der Daten zu finden, die Sie verwendet haben.
Der BAAD kann mithilfe unseres Skript-Workflows in R aus der Quelle (Rohdatendateien) neu erstellt werden. Über Basis-R hinaus erfordert die Erstellung des BAAD das Paket „remake“. Um Remake in R zu installieren, führen Sie Folgendes aus:
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
Eine Reihe weiterer Pakete sind ebenfalls erforderlich ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). Diese können entweder innerhalb von R mithilfe von install.packages oder einfacher mithilfe von Remake installiert werden (Anweisungen unten).
Die Datenbank kann dann mit remake neu erstellt werden.
Laden Sie zunächst den Code und die Rohdaten herunter, entweder von Ecological Archives oder von Github als ZIP-Datei oder durch Klonen des Baad-Repositorys:
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
Öffnen Sie dann R und legen Sie den heruntergeladenen Ordner als Ihr Arbeitsverzeichnis fest. Dann,
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
Eine Kopie des Datensatzes wurde im Ordner export sowohl als rds (komprimierte Daten für R) als auch als CSV-Datei gespeichert.
Sie können jede Version des BAAD reproduzieren, indem Sie sich den entsprechenden Commit ansehen, der generiert wurde, oder die Links auf der Registerkarte „Releases“ verwenden. Um beispielsweise Version 1.0.0 der Datenbank zu reproduzieren, die dem Artikel in Ecology und dem bei Ecology eingereichten Manuskript entspricht:
git checkout v1.0.0
Dann in R ausführen
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
Wir freuen uns über weitere Beiträge zum BAAD.
Wenn Sie Daten beisteuern möchten, gelten folgende Voraussetzungen
Lesen Sie diese Anweisungen zur Vorbereitung und Einreichung Ihres Beitrags.
Sobald genügend zusätzliche Daten beigesteuert wurden, planen wir, eine Aktualisierung des ersten Datenpapiers einzureichen und alle, die seit dem ersten Datenpapier Beiträge geleistet haben, als Co-Autoren einzuladen.
Wir sind allen, die Daten beigesteuert haben, sehr dankbar. Wir möchten außerdem den folgenden Finanzierungsquellen für die Unterstützung der Datenerhebung danken. DS Falster, A. Vårhammer und DR Barneche waren im Rahmen eines ARC-Entdeckungsstipendiums für Falster (DP110102086) und eines UWS-Startup-Stipendiums für RA Duursma beschäftigt. RG FitzJohn wurde vom Science and Industry Endowment Fund (RP04-174) unterstützt. MI Ishihara wurde vom Environmental Research and Technology Development Fund (S-9-3) des japanischen Umweltministeriums unterstützt.
