bx python

BX-Python

Das BX-Python-Projekt ist eine Python-Bibliothek und zugehörige Skripte für die schnelle Implementierung von Genom-Skala-Analysen. Die Bibliothek enthält eine Vielzahl nützlicher Module, aber die besonderen Stärken sind:

• Kurse zum Lesen und Arbeiten mit mehreren lokalen Ausrichtungen im Genom (in MAF, AXT und LAV-Formaten)
• Generische Datenstruktur für die Indizierung auf Festplattendateien, die Datenblöcke enthalten, die Intervallen in verschiedenen Sequenzen zugeordnet sind (zum Beispiel verwendet, um zufälligen Zugriff auf einzelne Ausrichtungen in großen Dateien zu gewährleisten; optimiert für die Verwendung über Netzwerkdateisysteme).
• Datenstrukturen für die Arbeit mit Intervallen für Sequenzen
  • "Binned Bitsets", die sich genau wie ein Bitarrays der Chromosomengröße verhalten, aber faul Regionen zuweisen und große Blöcke aller Sets oder aller nicht festgelegten Bits kompakt gespeichert werden können
  • "Intersecter" zur Durchführung schneller Schnittpunkt -Tests, die sowohl Abfrage- als auch Zielintervalle und zugehörige Annotation bewahren

Anforderungen

Build erfordert derzeit LIBLZO, z. B. sudo apt-Get-Installieren von LIBLZO2-DEV auf Debian/Ubuntu).

Installation

Das Paket kann mit PIP installiert werden:

pip install bx-python

Es ist in Bioconda erhältlich (empfohlen):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

Es ist in Debian und Ubuntu erhältlich:

sudo apt install python3-bx

Oder kann aus einer Überprüfung des Repositorys erstellt werden:

python setup.py install