tIGAr

Tigar

Eine Python -Bibliothek für die isogeometrische Analyse (IGA) unter Verwendung der Fenics. Der folgende Artikel beschreibt das Design von Tigar:

 @article{Kamensky2019,
title = "{tIGAr}: Automating isogeometric analysis with {FEniCS}",
journal = "Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering",
volume = "344",
pages = "477--498",
year = "2019",
issn = "0045-7825",
doi = "https://doi.org/10.1016/j.cma.2018.10.002",
author = "D. Kamensky and Y. Bazilevs"
}

Abhängigkeiten

• Jede sinnvolle Verwendung erfordert Fenics (Version 2019.2) und seine Abhängigkeiten.
• Scipy ist erforderlich. (Scipy ist bereits in Fenics Docker Distributions enthalten.)
• Die Verwendung des NURBS -Moduls erfordert Igakit.
• Das Kompilieren der API -Dokumentation erfordert Sphinx.
• Das bequemste Programm zur Visualisierung von Ergebnissen ist Paraview.

Installation

Installieren Sie alle Abhängigkeiten, klonen Sie das Repository (oder laden Sie sie aus einem Archiv aus) und fügen Sie das Verzeichnis der obersten Level des Repositorys (nämlich die mit Unterverzeichnis tIGAr , docs usw.) an die Umgebungsvariable PYTHONPATH , z. B. durch, an Hinzufügen

 export PYTHONPATH=/path/to/repository/: $PYTHONPATH

zu Ihrer ~/.bashrc -Datei (und source -ing -It). Um (optional) die API -Dokumentation zu erstellen, ändern Sie das Verzeichnis in docs und make html . Die Hauptdokumentation befindet sich dann in ./_build/html/index.html , der mit einem Webbrowser geöffnet werden kann.

Auf Clustern

Die bequemste Möglichkeit, Fenics (und damit Tigar) für HPC -Cluster zu verwenden, ist die Singularität. Ein Singularity-Rezept für die Verwendung von Tigar befindet sich in der Datei singularity-recipe.def . In den Kommentaren dieser Datei finden Sie einige zusätzliche Notizen.

Häufige Installationsprobleme

• petsc4py.PETSc.Mat object has no attribute PtAP : Dies ist auf eine alte Version von petsc4py zurückzuführen. Versuchen Sie, die neueste Version über pip3 zu installieren.
• ImportError: No module named dolfin : Dies tritt beim Versuch, python anstatt python3 zu verwenden, auf. Fenics 2018.1 und neuer unterstützen Python 2 nicht mehr.
• Python.h: No such file or directory : Dies erfordert die Installation der Header -Dateien für die Python C API. Auf Ubuntu können diese über sudo apt-get install python3-dev installiert werden.
• ModuleNotFoundError: No module named 'scipy._lib.decorator' : Versuchen Sie, Scipy erneut zu installieren, was mit der Befehls- pip3 install --force-reinstall scipy durchgeführt werden kann.
• Fehler aufgrund alter Versionen der Fenics: Führen Sie dolfin-version in einem Terminal aus, um Ihre Version der Fenics zu überprüfen. Beachten Sie insbesondere, dass Ubuntu -PPAs für die aktuelle stabile Version der Fenics nur für die letzten wenigen Ubuntu -Veröffentlichungen aufrechterhalten werden. Die Installation über den Paketmanager in einer alten Ubuntu -Version kann eine ältere Version von Fenics installieren.
• libgfortran.so.3 cannot be found oder andere Probleme mit libgfortran bei Verwendung des Singularity-Containers: Fügen Sie apt-get -y install libgfortran3 unter dem Abschnitt %post in der Datei singularity-recipe.def .