ArcoR
Release_1.0.2
Análisis emparejado de scATAC-seq y scRNA-seq
¡ArchR ahora admite análisis scATAC-seq y scRNA-seq emparejados!
Vea actualizaciones con importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims
Para ver un breve tutorial de estas funciones: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html
Análisis de trayectoria
¡ArchR ahora admite directamente el análisis de trayectoria basado en monocle3 y Slingshot!
Vea actualizaciones con getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories
Para ver un breve tutorial de estas funciones: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html
¡Además, ArchR ahora permite la exportación de una matriz de picos que es compatible con STREAM!
Ver actualizaciones con exportPeakMatrixForSTREAM
ArchR es un paquete R con todas las funciones para procesar y analizar datos ATAC-seq de una sola celda. ArchR proporciona el conjunto más completo de herramientas de análisis scATAC-seq de cualquier software disponible. Además, ArchR destaca tanto en velocidad como en uso de recursos, lo que permite analizar 1 millón de celdas en 8 horas en una computadora portátil MacBook Pro.
Para obtener un recorrido completo por la instalación y los problemas relacionados con frecuencia, visite www.ArchRProject.com.
Primero, instale devtools (para instalar paquetes de GitHub) si aún no está instalado:
if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )Luego, instale BiocManager (para instalar paquetes de bioconductores) si aún no está instalado:
if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )Luego, instala ArchR:
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())Por último, instale todas las dependencias de ArchR que no están instaladas de forma predeterminada:
library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()Si alguno de estos pasos falla, debe identificar el paquete infractor y solucionar el problema de esa instalación individual antes de continuar. Además, consulte el sitio web de ArchR (www.ArchRProject.com) donde encontrará consejos para solucionar problemas de instalación.
ArchR se encuentra actualmente en versión beta . Esperamos que haya obstáculos en el camino. Si cree que ha encontrado un error, primero instale la última versión de ArchR a través de
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())Si esto no soluciona su problema, informe un problema en Github con el formulario de Informe de error .
Si tiene preguntas sobre el uso de ArchR, consulte el manual del usuario completo con capacidad de búsqueda, la sección de preguntas frecuentes y la publicación. Si cree que la documentación en este sitio web o en las anotaciones de funciones no está clara, envíe un problema en Github con el formulario de Solicitud de documentación . Si hay una característica que cree que falta en ArchR y ya buscó en el manual del usuario , envíe un problema en Github con el formulario de Solicitud de característica . Si ninguna de estas opciones ayuda, envíanos un correo electrónico. Haremos todo lo posible para responder a las preguntas que de otro modo no se responden en la documentación.
