Cómo descargar manualmente los metadatos de todos los genomas disponibles de un organismo en NCBI

¿Cómo descargar manualmente los metadatos de todos los genomas disponibles de un organismo en NCBI?

AUTOR: Dr. Asad Prodhan https://asadprodhan.github.io/

Paso 1: Busque su organismo en la base de datos del NCBI

• Vaya al sitio web del NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• Busque en su organismo como se muestra para Fusarium en el cuadro rectangular rojo en la Fig. 1.

• Los resultados de la búsqueda se mostrarán en diferentes categorías (Fig. 1)

• Haga clic en la base de datos Genomes como lo indica el hexágono rojo en la Fig. 1

Figura 1: Busque su organismo en la base de datos del NCBI.

Paso 2: Selecciona los metadatos de tu interés

• Verá algo como la Fig. 2

• Marque la casilla de montaje como lo indica el círculo rojo en la Fig. 2.

• Haga clic en la pestaña Seleccionar columnas como lo indica el rectángulo rojo en la Fig. 2

Figura 2: Seleccione los metadatos de su interés.

• Seleccione los metadatos de su interés y solicítelos (Fig. 3)

Figura 3: Metadatos disponibles.

Paso 3: descargue los metadatos

• Haga clic en la pestaña Descargar como lo indica el círculo rojo en la Fig. 4

• Seleccione Descargar tabla en el menú desplegable

• Seleccione el formato de valores separados por tabulaciones (TSV)

• Haga clic en Descargar

Figura 4: Descargue los metadatos.

Paso 3: convierta el archivo TSV en una hoja de Excel

• Se descargará un archivo TSV que contiene los metadatos.

• Puede abrir el archivo TSV en Excel como en la Fig. 5.

Figura 5: Hoja de metadatos.

Ahora tienes una hoja de Excel que contiene los metadatos de todas las secuencias del genoma disponibles de Fusarium.

Puede ordenar esta información y hacer una lista corta de los números de ensamblaje que desea descargar.

Vea este tutorial sobre cómo descargar secuencias del genoma automáticamente:

https://github.com/asadprodhan/Cómo-descargar-todas-las-secuencias-del-genoma-disponibles-de-un-organismo-automáticamente