doblar_slice
Este es el código personalizado de Yi Jiang para pticografía electrónica/rayos X y tomografía/laminografía.
El paquete se basa en el código Matlab desarrollado por Science IT y los grupos de dispersión coherente de rayos X (CXS) del Paul Scherrer Institut, Suiza: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software. Las cuestiones de derechos de autor y licencias deben seguir los acuerdos (ver más abajo) y/o consultar su sitio web.
empezar
Consulte la documentación oficial del paquete PtychoShelves para ver sus requisitos. Necesita la siguiente caja de herramientas de Matlab para utilizar todas las funciones: computación paralela, ajuste de curvas, procesamiento de imágenes, optimización y procesamiento de señales.
Para ptychography, pruebe los scripts de preparación y reconstrucción de datos en /fold_slice/ptycho/examples para familiarizarse con el formato de datos y los parámetros de reconstrucción.
Recursos
- Un foldsliceGPT personalizado que sirve como asistente de IA en pticografía electrónica y de rayos X. Puede ayudar a los usuarios con diversas tareas, como diseñar experimentos y preparar guiones de reconstrucción.
- fold_slice se puede utilizar en nuestro nuevo flujo de trabajo basado en LLM (PEAR). No dudes en ponerte en contacto conmigo si quieres ser un tester alfa.
- Los archivos en /fold_slice/ptycho/notes/ podrían ayudarle a comprender la estructura general del código. Advertencia: algunas notas pueden estar desactualizadas.
- El Dr. Chia-Hao Lee escribió un excelente blog que detalla los algoritmos y la estructura del código de PtychoShelves.
- Contamos con un grupo de estudio semanal para discutir nuevas técnicas de imágenes computacionales en microscopía electrónica. Algunas conferencias tutoriales se pueden encontrar aquí.
Principales diferencias con el paquete PtychoShelves
Algunas convenciones de E/S de reconstrucción y datos se han modificado para adaptarse a la pticografía electrónica. Consulte los scripts de ejemplo para obtener más detalles.
Se agrega un algoritmo de pticografía de cortes múltiples de máxima verosimilitud modificado como nuevo motor: GPU_MS
Está basado en el motor GPU (escrito por Michal Odstrcil) con mejoras como múltiples modos de sonda y corrección de errores. El uso del código debe incluir citas adicionales:
Z. Chen, Y. Jiang, Y. Shao, ME Holtz, M. Odstrčil, M. Guizar-Sicairos, I. Hanke, S. Ganschow, DG Schlom, DA Muller, La pticografía electrónica logra límites de resolución atómica establecidos por vibraciones de red . Ciencia 372 (6544), 826-831.
Desarrollamos un flujo de trabajo de ajuste automático de parámetros para pticografía utilizando optimización bayesiana con procesos gaussianos: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5. Consulte los scripts de ejemplo para obtener más detalles.
Una lista no exhaustiva de nuevas funciones en los motores GPU y GPU_MS:
| Características | GPU | GPU_MS |
|---|
| Estados mixtos + pticografía multicorte | ✖️ | ✔️ |
| Reconstrucción dinámica multicorte | ✖️ | ✔️ |
| Pticografía avanzada de escaneo de trayectoria arbitraria | ✔️ | ✖️ |
| Reconstrucción de escaneo múltiple | ✔️ | ✔️ |
| Regularización de TV en fase de objeto | ✔️ | ✔️ |
| Eliminación de artefactos de cuadrícula | ✔️ | ✖️ |
| Selección automática de parámetros | ✔️ | ✔️ |
| Tenga en cuenta el desenfoque del detector con un núcleo gaussiano | ✔️ | ✔️ |
Otro software de ptografía
Si no posee Matlab o desea explorar otro software de pticografía. Aquí hay algunos repositorios públicos:
Adorym: https://github.com/mdw771/adorym
Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui
Ptychodus: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus
PtychoNN: https://github.com/mcherukara/PtychoNN
Ptychopy: https://github.com/kyuepublic/ptychopy
Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM
PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/
Tike: https://github.com/tomography/tike
Acuerdo de licencia académica
Código fuente
Introducción
Este acuerdo de licencia establece los términos y condiciones bajo los cuales el INSTITUTO PAUL SCHERRER (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Suiza (en adelante "LICENCIATARIO") le otorgará (en adelante "LICENCIATARIO") una licencia no exclusiva y libre de regalías. Licencia para fines académicos, no comerciales únicamente (en adelante, "LICENCIA") para utilizar el programa de software de computadora del paquete MATLAB de ptychography cSAXS y la documentación asociada proporcionada a continuación. (en adelante "PROGRAMA").
Términos y Condiciones de la LICENCIA
- El LICENCIANTE otorga al LICENCIATARIO una licencia no exclusiva y libre de regalías para utilizar el PROGRAMA con fines académicos y no comerciales, según los términos y condiciones que se establecen a continuación y hasta la terminación de esta licencia como se establece a continuación.
- El LICENCIATARIO reconoce que el PROGRAMA es una herramienta de investigación aún en etapa de desarrollo. El PROGRAMA se proporciona sin ningún servicio, mejora o garantía relacionados por parte del LICENCIANTE y la LICENCIA se celebra para permitir que otros utilicen el PROGRAMA en sus actividades académicas. Es responsabilidad del LICENCIATARIO asegurar su correcto uso y la corrección de los resultados.
- EL PROGRAMA SE PROPORCIONA "TAL CUAL", SIN GARANTÍA DE NINGÚN TIPO, EXPRESA O IMPLÍCITA, INCLUYENDO PERO NO LIMITADO A LAS GARANTÍAS DE COMERCIABILIDAD, IDONEIDAD PARA UN PROPÓSITO PARTICULAR Y NO INFRACCIÓN DE PATENTES, DERECHOS DE AUTOR, MARCAS COMERCIALES U OTROS DERECHOS. EN NINGÚN CASO EL CONCEDENTE DE LA LICENCIA, LOS AUTORES O LOS TITULARES DE LOS DERECHOS DE AUTOR SERÁN RESPONSABLES DE NINGÚN RECLAMO, DAÑOS DIRECTOS, INDIRECTOS O CONSECUENCIALES U OTRA RESPONSABILIDAD QUE SURJA DE, FUERA DE O EN RELACIÓN CON EL PROGRAMA O EL USO DEL PROGRAMA U OTRAS NEGOCIOS EN EL PROGRAMA.
- EL LICENCIATARIO acepta que utilizará el PROGRAMA y cualquier modificación, mejora o derivado del PROGRAMA que el LICENCIATARIO pueda crear (colectivamente, "MEJORAS") únicamente para fines académicos y no comerciales y que cualquier copia del PROGRAMA o derivados del mismo se distribuirá únicamente bajo la misma licencia que PROGRAM. Los términos "académico, no comercial", tal como se utilizan en este Acuerdo, significan investigación académica o de otro tipo que (a) no se realiza con fines de lucro, o (b) no tiene como objetivo producir obras, servicios o datos para uso comercial. , o (c) no es realizado ni financiado por una persona o entidad dedicada al uso comercial, aplicación o explotación de obras similares al PROGRAMA.
- El LICENCIATARIO acepta que deberá hacer el siguiente reconocimiento en cualquier publicación resultante del uso del PROGRAMA o de cualquier traducción del código a otro lenguaje informático: "El procesamiento de datos se llevó a cabo utilizando el paquete MATLAB de ptychography cSAXS desarrollado por Science IT y coherent Grupos de dispersión de rayos X (CXS), Paul Scherrer Institut, Suiza."
Además, cualquier publicación que utilice el paquete o cualquier traducción del código a otro lenguaje informático debe citar
(para PtychoShelves) K. Wakonig, H.-C. Stadler, M. Odstrčil, EHR Tsai, A. Diaz, M. Holler, I. Usov, J. Raabe, A. Menzel, M. Guizar-Sicairos, PtychoShelves, un marco versátil de alto nivel para análisis de alto rendimiento de ptychographic datos, J. Appl. Cristal. 53(2) (2020). (doi: 10.1107/S1600576720001776)
(para mapa de diferencias) P. Thibault, M. Dierolf, A. Menzel, O. Bunk, C. David, F. Pfeiffer, Microscopía de difracción de rayos X de barrido de alta resolución, Science 321, 379-382 (2008). (doi: 10.1126/ciencia.1158573).
(para máxima verosimilitud) P. Thibault y M. Guizar-Sicairos, Refinamiento de máxima verosimilitud para imágenes difractivas coherentes, New J. Phys. 14, 063004 (2012). (doi: 10.1088/1367-2630/14/6/063004).
(para modos coherentes mixtos) P. Thibault y A. Menzel, Reconstrucción de mezclas de estados a partir de mediciones de difracción, Nature 494, 68-71 (2013). (doi: 10.1038/naturaleza11806).
(y/o para multicorte) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel y M. Guizar-Sicairos, Pticografía de rayos X con profundidad de campo extendida, Opt. Expreso 24, 29089-29108 (2016). (doi: 10.1364/OE.24.029089).
- Excepto por el reconocimiento mencionado anteriormente, el LICENCIATARIO no utilizará el título del PROGRAMA ni los nombres o logotipos del LICENCIANTE, ni ninguna adaptación de los mismos, ni los nombres de ninguno de sus empleados o laboratorios, en ningún material publicitario, promocional o de ventas sin previo escrito. consentimiento obtenido del LICENCIANTE en cada caso.
- La propiedad de todos los derechos, incluidos los derechos de autor del PROGRAMA y de cualquier material asociado con el mismo, permanecerá en todo momento en manos del LICENCIANTE, y el LICENCIATARIO se compromete a preservarlos. El LICENCIATARIO se compromete a no utilizar ninguna parte del PROGRAMA ni de ninguna MEJORA en ningún formato legible por máquina fuera del PROGRAMA, ni a realizar copias excepto para su uso interno, sin el consentimiento previo por escrito del LICENCIANTE. El LICENCIATARIO acepta colocar el siguiente aviso de derechos de autor en dichas copias: @ Todos los derechos reservados. INSTITUT PAUL SCHERRER, Suiza, Laboratorio de Macromoléculas y Bioimagen, 2017.
- No se interpretará que la LICENCIA confiere ningún derecho al LICENCIATARIO por implicación o de otra manera, excepto como se establece específicamente en este documento.
- DESCARGO DE RESPONSABILIDAD: EL LICENCIATARIO debe ser consciente de que Phase Focus Limited de Sheffield, Reino Unido, tiene una cartera internacional de patentes y solicitudes pendientes relacionadas con la ptografía y que el PROGRAMA puede usarse en circunstancias que pueden caer dentro de las reivindicaciones de una o más de las patentes Phase Focus, en particular la patente con número de solicitud internacional PCT/GB2005/001464. El LICENCIANTE declara explícitamente no indemnizar a los usuarios del software en caso de que Phase Focus o cualquier otro tercero inicie una acción legal contra el LICENCIATARIO por el uso del programa.
- Este Acuerdo se regirá por las leyes materiales de Suiza y cualquier disputa que surja de este Acuerdo o del uso del PROGRAMA se llevará ante los tribunales de Zurich, Suiza.
