emmaa

EMMAA

EMMAA es un ecosistema de modelos mantenidos por máquinas con análisis automatizado. La forma principal en que los usuarios pueden interactuar con EMMAA es mediante el Panel de EMMAA al que se puede acceder aquí.

Documentación

Para obtener documentación detallada de EMMA, visite http://emmaa.readthedocs.io. La documentación contiene tres secciones principales:

• Una descripción conceptual de la arquitectura y el enfoque de EMMAA.
• Una introducción al panel de EMMAA
• Una documentación a nivel de módulo de todo el código base de EMMAA vinculado directamente al código fuente en Github

Concepto

La idea principal detrás de EMMAA es crear un conjunto de modelos computacionales que se mantengan actualizados mediante lectura automática, ensamblaje de conocimientos y generación de modelos. Cada modelo comienza con una red previa de conceptos relevantes conectados a través de un conjunto de mecanismos conocidos. Este conjunto de mecanismos luego se amplía leyendo literatura u otras fuentes de información cada día, determinando cómo se relaciona la nueva información con el modelo existente y luego actualizando el modelo con la nueva información.

También hay modelos disponibles para análisis automatizado en los que las consultas relevantes que caen dentro del alcance de cada modelo se pueden asignar automáticamente a procedimientos de análisis estructural y dinámico en el modelo. Esto permite reconocer e informar cambios en el modelo que resultan en cambios significativos en los resultados del análisis.

Aplicaciones

El área de aplicación principal de EMMAA es la biología molecular del cáncer; sin embargo, se puede aplicar a otros dominios que el sistema INDRA y los sistemas de lectura integrados con INDRA pueden manejar.

Instalación

Los usuarios interactúan principalmente con EMMAA a través del Panel, para lo cual no es necesario instalar dependencias.

Para configurar el acceso programático a las funciones de EMMAA localmente, haga lo siguiente:

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

Hay una versión Dockerizada de EMMAA disponible en https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa, que se puede obtener como

 docker pull labsyspharm/emmaa

Fondos

El desarrollo de EMMAA está financiado por el programa DARPA Automating Scientific Knowledge Extraction (ASKE) bajo el premio HR00111990009.