URD
Version 1.1.1
URD es un paquete R diseñado para reconstruir trayectorias transcripcionales subyacentes a procesos de especificación o diferenciación en forma de árbol ramificado, utilizando datos de secuenciación de ARN unicelular. Lleva el nombre de la figura mitológica nórdica que nutre el árbol del mundo y decide todos los destinos.
La URD se describe en:
Reconstrucción unicelular de trayectorias de desarrollo durante la embriogénesis del pez cebra.
Farrell JA y Wang Y (contribución igual), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A y Schier AF (contribución igual).
Ciencia 26 de abril de 2018. doi: 10.1126/science.aar3131
Para comenzar, consulte el Tutorial de inicio rápido: (Ver) (Descargar)
El análisis complementario completo de Farrell & Wang, et al. También está disponible un estudio que describe la reconstrucción de las trayectorias de desarrollo durante la embriogénesis del pez cebra (3,3 a 12 horas después de la fertilización).
El análisis complementario completo de Siebert, Farrell, et al. que describe la reconstrucción de las trayectorias de desarrollo en Hydra adulta también está disponible.
Un tutorial para trazar los datos procesados de Siebert, Farrell, et al. (ver más abajo para descargar) está disponible aquí
El objeto URD procesado de la embriogénesis del pez cebra (3,3 - 12 horas después de la fertilización) de Farrell & Wang, et al. se puede descargar desde el portal Broad Single-cell (requiere iniciar sesión).
Los objetos URD procesados de Hydra adulta de Siebert, Farrell, et al. se puede descargar desde el portal Broad Single-cell (requiere iniciar sesión) o desde Data Dryad.
Los cambios detallados y las versiones menores se enumeran en NEWS.md
¡Lanzada la versión 1.1! Esto incluye nuevas funciones para utilizar el análisis del módulo NMF para detectar y eliminar dobletes, nuevas funciones para observar la expresión genética en relación con el pseudotiempo y nuevas funciones de trazado para inspeccionar datos. Acompaña la publicación Trayectorias de diferenciación de células madre en Hydra resueltas con resolución unicelular.
¡Lanzada la versión 1.0! ¡Acompaña nuestro manuscrito Reconstrucción unicelular de trayectorias de desarrollo durante la embriogénesis del pez cebra!
