mulan

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Bienvenido al repositorio de scMulan_v1, que presenta nuestro próximo trabajo: "scMulan: un modelo de lenguaje preentrenado generativo multitarea para análisis de celda única".

Presentando scMulan

scMulan es un modelo básico innovador para el análisis de la transcriptómica unicelular.
Características:

• Anotación de tipo de celda de disparo cero: clasifique fácilmente los tipos de celda sin capacitación previa ni mapeo de referencia.
• Integración por lotes de disparo cero: integre perfectamente datos de diversos lotes.
• Generación de células condicional: admite la simulación de perturbaciones in-silico.

Instalación

 conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt

Inicio rápido

descargue el archivo ckpt y colóquelo en ./ckpt/
Prepare su archivo adata de prueba y comience a usar scMulan

Tutoriales

Proporcionamos un tutorial sobre el uso de scMulan para la anotación de tipos de células (ver tutorial). Actualmente, scMulan admite la anotación cero de tipos de células humanas en siete órganos, incluidos el corazón, los pulmones, el hígado, la médula ósea, la sangre, el cerebro y el timo.

También podría usarse para obtener incrustaciones de celdas para la integración por lotes (ver tutorial). Puede utilizar fácilmente sus datos y obtener análisis de scMulan.

scMulan ahora admite inferencias en npu.

Expresiones de gratitud

• minGPT
• atención flash
• escaso
• scib