congas

Copiar el genotipado del número a partir de la secuenciación de scRNA.

Un conjunto de modelos y funciones de Pyro para inferir CNA a partir de datos de scRNA-seq. Viene con un paquete R complementario que funciona como una interfaz y proporciona rutinas de preprocesamiento, simulación y visualización. Sugerimos utilizar el paquete R directamente, ya que sirve principalmente como backend para los cálculos.

Actualmente brindando:

• Un modelo de mezcla en segmentos donde las CNV se modelan como variable aleatoria LogNormal (MixtureGaussian)

• Un modelo de mezcla en segmentos donde las CNV se modelan como variable aleatoria categórica (MixtureCategorical)

• Un Hmm simple donde las CNV son nuevamente categóricas, pero no hay agrupación (SimpleHmm)

Para instalar:

$ pip install congas-old

Para ejecutar un análisis simple de los datos de ejemplo

 importar congas como cndesde congas.models importar MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, loss = cn.run_analysis(data_dict,MixtureGaussian, pasos=200, lr=0.05)