xyz2mol

xyz2mol ahora se ha implementado en RDKit

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

Convertir coordenadas cartesianas en uno o más gráficos moleculares

Dadas las coordenadas cartesianas en forma de archivo .xyz , el código construye una lista de uno o más gráficos moleculares. En los casos en los que hay varias formas de resonancia posibles, xyz2mol devuelve una lista de todas; de lo contrario, solo una lista de una.

Este código está basado en el trabajo de DOI: 10.1002/bkcs.10334

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

Configuración

Depende de rdkit , numpy y networkx . Más fácil de configurar mediante anaconda/conda:

conda install -c conda-forge xyz2mol

La configuración para un entorno independiente está disponible a través de Makefile . Para configurar y probar, simplemente clone el proyecto y cree.

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

y luego ejecute lo siguiente en la carpeta xyz2mol

 make
make test

Tenga en cuenta que también es posible ejecutar el código sin las dependencias networkx , pero es más lento.

Uso de ejemplo

Lea el archivo xyz e imprima las SONRISAS, pero no codifique la quiralidad.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

Lea el archivo xyz e imprima el formato SDF, guárdelo en un archivo

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

Leer en archivo xyz con un cargo e imprimir las SONRISAS

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

Dependencias:

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx