Seguimiento de Dicty
Tabla de contenido
- Acerca de
- Capturas de pantalla y ejemplos de seguimiento
- Vídeotutorial
- Código
- Licencia
- como citar
- Dicty Tracking en la literatura
Acerca de
Dicty Tracking es una herramienta independiente basada en MATLAB® desarrollada para el seguimiento semiautomático de células migratorias de Dictyostelium discoideum a partir de series de imágenes de lapso de tiempo con contraste de fase. La herramienta requiere Fiji/ImageJ y la instalación de MATLAB Runtime.
como funciona
- Detección de células : utilizando el operador Sobel implementado en la Caja de herramientas de procesamiento de imágenes de MATLAB®, así como los pasos posteriores de dilatación y erosión, el seguimiento de Dicty puede detectar de manera eficiente cuerpos celulares de células de Dictyostelium migratorias a partir de imágenes de contraste de fase. El ajuste de varios parámetros que afectan la precisión de la detección del cuerpo celular es posible y podría ser necesario en algunos casos.
- Control de calidad y selección de células : el usuario puede comprobar la precisión de la detección del cuerpo celular en Fiji/ImageJ. Luego, una interfaz gráfica de usuario (GUI) permite la selección de celdas que el algoritmo debe rastrear. Normalmente, algunas células deben excluirse del análisis debido a colisiones, divisiones o porque salen del campo de visión.
- Seguimiento de celdas y exportación de datos : el algoritmo Dicty Tracking rastrea las celdas seleccionadas conectando los centroides de una celda en cada punto temporal de la serie de imágenes. Dicty Tracking genera una pila .tif con seguimientos de celdas de diferentes colores y guarda los siguientes parámetros de cada celda rastreada en cada momento en una hoja de Excel:
- posición x e y
- distancia al punto anterior (tamaño del paso)
- longitud total de la pista
- distancia directa al punto de partida
- velocidad instantánea
- ángulo instantáneo (ángulo entre el vector de desplazamiento y el eje x, consulte la guía del usuario para obtener más detalles)
- ángulo de giro (diferencia de ángulos instantáneos posteriores)
- el coseno del ángulo de giro.
- Análisis adicionales : Dicty Tracking viene con libros de Excel adicionales basados en VBA que permiten el cálculo de
- velocidad media
- relación de direccionalidad
- desplazamiento medio cuadrático (MSD).
En la guía del usuario se proporciona una descripción más detallada del seguimiento de células de Dictyostelium y el posterior análisis de migración con Dicty Tracking.
Capturas de pantalla y ejemplos de seguimiento
Ventana para configurar los parámetros de detección de células.
Control de detección de células usando Fiji/ImageJ
GUI para la selección de celdas que deben ser rastreadas
Seguimiento de los datos exportados al libro de Excel
Cálculo de MSD con un libro de Excel asociado
Células de Dictyostelium de tipo salvaje Ax2 que migran libre (ilimitada) y aleatoriamente y se rastrean con Dicty Tracking
Células de Dictyostelium de tipo salvaje Ax2 confinadas por un corte de agarosa al 1,5% de 0,17 nm rastreado con Dicty Tracking
Vídeotutorial
Un breve video tutorial (aproximadamente 3 minutos) para Dicty Tracking está disponible en vimeo.com .
Código
El código detrás de Dicty Tracking se almacena en el código fuente del subrepositorio. El acceso rápido y directo a los archivos de código particulares es posible a través de los siguientes enlaces:
- código MATLAB®
- Dicty_tracking_v1_3.m: identificación del cuerpo celular, extracción de centroides, GUI de selección de células, seguimiento, exportación de datos
- Código VBA de libros de Excel asociados
- trajectories.vb: desplaza las trayectorias de todas las celdas rastreadas al origen (para generar gráficos de trayectoria)
- speed.vb: calcula la velocidad media de todas las celdas rastreadas de una serie de imágenes
- dir ratio.vb: calcula la proporción de directorios media de todas las celdas rastreadas de una serie de imágenes
- Preparación de MSD.vb: prepara los datos de seguimiento para importarlos al libro de cálculo de MSD
- MSD_1.vb, MSD_2.vb, MSD_3.vb y MSD_4.vb: permiten el cálculo del desplazamiento cuadrático medio (MSD) en cada punto temporal para hasta 4 poblaciones de células diferentes
Licencia
La herramienta y sus archivos asociados, incluidos los libros de Excel, la guía del usuario y películas de muestra, tienen la licencia MIT.
Dicty Tracking en la literatura
Dicty Tracking y/o archivos asociados se utilizaron en los siguientes artículos de investigación:
- Litschko C, Brühmann S, Csiszár A, Stephan T, Dimchev V, Damiano-Guercio J, Junemann A, Körber S, Winterhoff M, Nordholz B, Ramalingam N, Peckham M, Rottner K, Merkel R, Faix J. (2019) La integridad funcional de la corteza de actina contráctil está salvaguardada por múltiples forminas relacionadas con Diáfano . Proc Natl Acad Sci EE.UU. 116(9):3594-3603. https://doi.org/10.1073/pnas.1821638116
- Litschko C, Linkner J, Brühmann S, Stradal TEB, Reinl T, Jänsch L, Rottner K, Faix J. (2017) Funciones diferenciales de las subunidades del complejo regulador WAVE en la regulación de procesos impulsados por actina . Eur J Cell Biol. 96(8):715-727. https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2017.08.003
- Latham SL, Ehmke N, Reinke PYA, Taft MH, Eicke D, Reindl T, Stenzel W, Lyons MJ, Friez MJ, Lee JA, Hecker R, Frühwald MC, Becker K, Neuhann TM, Horn D, Schrock E, Niehaus I , Sarnow K, Grützmann K, Gawehn L, Klink B, Rump A, Chaponnier C, Figueiredo C, Knöfler R, Manstein DJ, Di Donato N (2018) Las variantes en los exones 5 y 6 de ACTB causan trombocitopenia sindrómica . Comuna Nacional. 9(1):4250. https://doi.org/10.1038/s41467-018-06713-0
Dicty Tracking se describe además en un capítulo de método sobre el análisis de la migración aleatoria de Dictyostelium . Este capítulo también proporciona información detallada sobre la preparación de muestras confinadas y no confinadas, la adquisición de imágenes y consejos útiles:
- Litschko C, Damiano-Guercio J, Brühmann S, Faix J (2018) Análisis de la migración aleatoria de Dictyostelium Amoeba en entornos confinados y no confinados . Métodos Mol Biol. 1749:341-350. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7701-7_24
como citar
El conjunto de archivos Dicty Tracking también está disponible públicamente en figshare . Su identificador de objeto digital (DOI) atribuido es 10.6084/m9.figshare.5024552. Dicty Tracking puede citarse como
Litschko C (2017) Dicty Tracking: una herramienta independiente para un seguimiento rápido y sencillo de las células de Dictyostelium migratorias. higo compartido. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5024552
