xolotl

Xolotl: un simulador neuronal rápido y flexible

xolotl es un simulador rápido de un solo compartimento y multi-compatimiento escrito en C++ con una interfaz MATLAB que realmente disfrutará usando.

¿Por qué usar Xolotl? Por eso:

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Xolotl es rápido

Xolotl está escrito en C ++, y es rápido . En nuestras pruebas, es más de 3 veces más rápido que la neurona para las neuronas de un solo compartimento.

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xolotl es fácil de usar

¿Quiere configurar un modelo Hodgkin-Huxley, inyectar corriente, integrarlo y trazar la traza de voltaje? Esto es todo lo que necesitas:

x = xolotl ;
x .add( ' compartment ' , ' HH ' , ' A ' , 0.01 );
x . HH .add( ' liu/NaV ' , ' gbar ' , 1000 );
x . HH .add( ' liu/Kd ' , ' gbar ' , 300 );
x . HH .add( ' Leak ' , ' gbar ' , 1 );
x.I_ext = .2 ;
x . plot ;

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Xolotl tiene documentación

A diferencia de ciertos simuladores de neuronas ampliamente utilizados que permanecerán sin nombre, Xolotl tiene documentación que en realidad ... existe.

Esto es lo que parece:

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xolotl es totalmente programable

Xolotl está diseñado para usarse desde Matlab . Le brinda lo mejor de ambos mundos: el alto rendimiento del código compilado C ++ con el rico poder de todas las cajas de herramientas que Matlab tiene para ofrecer. Puede:

• Escriba funciones que pasen modelos como argumentos
• Optimizar los parámetros de los modelos neuronas utilizando la caja de herramientas de optimización global
• Ejecutar simulaciones en paralelo en múltiples computadoras
• tener un solo script para ejecutar la simulación y analizar los resultados

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¿Enganchado? Empiece aquí.

¿De dónde saco esto?

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¿Cómo cito esto?

Hemos publicado un informe tecnológico en Frontiers en Neuroinformatics.

 @ARTICLE{10.3389/fninf.2018.00087,
AUTHOR={Gorur-Shandilya, Srinivas and Hoyland, Alec and Marder, Eve},   
TITLE={Xolotl: An Intuitive and Approachable Neuron and Network Simulator for Research and Teaching},      
JOURNAL={Frontiers in Neuroinformatics},      
VOLUME={12},      
PAGES={87},     
YEAR={2018},      
URL={https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2018.00087},       
DOI={10.3389/fninf.2018.00087},      
ISSN={1662-5196},   
}

Documentos y proyectos que usan xolotl

1. Regulación de EAG por Ca2+/calmodulina controla la excitabilidad presináptica en Drosophila
2. Las reglas de plasticidad homeostática que compensan el tamaño de la celda son susceptibles a la eliminación de canales
3. NBIO140 Lab 5 Laborador para NBIO140 enseñado por Steven Van Hooser
4. Blackboxneuron Neuron Simulator diseñado para la enseñanza y la investigación de pregrado. Utilizado para el programa Brandeis QBREC
5. Curso central en Biosciencias Integrativas (BIMS 6000)