Este es un repositorio para un paquete R con herramientas de gestión de datos y visualización para GPS y datos de acelerómetro para rastrear animales (por ejemplo, vacas). Incluye dos aplicaciones brillantes para visualizar y analizar los datos espaciales-temporales asociados.
Consulte el Manual PDF para obtener información detallada sobre el uso de funciones.
La aplicación Animal Tracker se envía con datos de demostración incluidos. O, cargue convenientemente sus propios archivos de datos .csv o .txt animal en una carpeta zip. Hay una opción para que la aplicación filtre puntos de datos malos después de que se cargan los archivos. Puede configurar los parámetros de filtración y opcionalmente clúster con un algoritmo de agrupación de Kalman.
Por defecto, la búsqueda de elevación está limitada por la latitud y longitud máxima/mínima determinadas a partir del análisis de los datos cargados, pero los límites se pueden modificar manualmente. Estos límites también afectan la agrupación de Kalman desde el menú de filtración. Del mismo modo, el nivel de zoom predeterminado es el zoom de mapa actual, pero también se puede cambiar manualmente a valores de 1-14. Haga clic en las casillas de verificación para incluir pendiente y aspecto con elevación.
Use las selecciones desplegables para filtrar por sitio, animal o rango de fecha. Las características de la aplicación actualizarán dinámicamente en función de sus selecciones, y los datos filtrados también están disponibles como una descarga.
Además, Animal Tracker puede visualizar el terreno de sus datos de animales. Alterne entre vistas de punto y mapa de calor, o superpuesta ambas. Dibuje un rectángulo para seleccionar una región en particular.
Animal Tracker también visualiza y compara los comportamientos de sus animales. Las parcelas incluyen elevación con el tiempo por animal y número de puntos en la muestra por animal, así como una tasa de viaje por animal y el tiempo total dedicado por la ubicación (no se muestra).
La aplicación viene con una utilidad de resumen estadístico para complementar las visualizaciones. Elija entre elevación, diferencia de tiempo entre las mediciones de GPS, el curso, la diferencia del curso entre las mediciones de GPS, la distancia y la velocidad para resumir. Luego, seleccione del tamaño de la muestra, media, mediana, desviación estándar, varianza, valor mínimo, valor máximo, rango, rango intercuartil, primer cuartil y estadísticas del tercer cuartil.
Compare y visualice dos conjuntos de datos de lado a lado con la aplicación de validación. Pruebe la aplicación con los conjuntos de datos de demostración incluidos o cargue sus propios archivos .csv (.txt aún no es compatible).
La detección atípica también se puede aplicar. Actualmente admitimos la clasificación modificada de puntaje Z según Iglewicz y Hoaglin (1993).
Además, se proporcionan estadísticas de resumen para los datos marcados de la detección atípica de la aplicación o un método ya aplicado a los datos antes de la carga.
Esta aplicación se puede instalar y ejecutar a través de Rstudio (o la consola R BASIC).
Antes de instalar Animal Tracker, asegúrese de tener el paquete DevTools instalado y cargado:
install.packages("devtools")
library(devtools)
Instale y cargue AnimalTracker ejecutando lo siguiente:
install_github("mathedjoe/animaltracker")
library(animaltracker)
Inicie la aplicación Core brillante ejecutando lo siguiente:
run_shiny_animaltracker()
Inicie la aplicación de validación brillante ejecutando lo siguiente:
run_validation_app()
Envíe un correo electrónico a [email protected].
