bx python

bx-python

El proyecto BX-Python es una biblioteca de Python y un conjunto asociado de scripts para la implementación rápida de los análisis de la escala del genoma. La biblioteca contiene una variedad de módulos útiles, pero las fortalezas particulares son:

• Clases para leer y trabajar con alineaciones locales múltiples a escala del genoma (en formatos MAF, AXT y LAV)
• Estructura de datos genéricos para la indexación en archivos de disco que contienen bloques de datos asociados con intervalos en varias secuencias (utilizadas, por ejemplo, para proporcionar acceso aleatorio a alineaciones individuales en archivos enormes; optimizado para usar sobre sistemas de archivos de red)
• Estructuras de datos para trabajar con intervalos en secuencias
  • "Binned Bitsets" que actúan al igual que las matrices de bits del tamaño de un cromosoma, pero asignan regiones perezosamente y permiten que se almacenen grandes bloques de todos los set o todos los bits no establecidos.
  • "Intersector" para realizar pruebas de intersección rápida que preservan tanto la consulta como los intervalos objetivo y la anotación asociada

Requisitos

La construcción actualmente requiere Liblzo, por ejemplo, sudo apt-get install Liblzo2-dev en Debian/Ubuntu).

Instalación

El paquete se puede instalar con PIP:

pip install bx-python

Está disponible en BioConda (recomendado):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

Está disponible en Debian y Ubuntu:

sudo apt install python3-bx

O se puede construir a partir de un pago del repositorio:

python setup.py install