SIQ

Siq

Interrogación y calificación de secuencia está ahí para realizar un análisis en datos de secuenciación dirigidos. SIQ crea un perfil de mutación que se puede visualizar interactivamente usando SiqPlotter. Está escrito en Java para que cualquier persona con una computadora pueda usar este programa para analizar sus secuencias. Hemos diseñado e implementado esta herramienta para cualquier persona sin experiencia en informática para poder analizar los datos de NGS.

Para una guía de usuario detallada, descargue y lea:

Guía del usuario

Y además, puede ver el video Turials que hemos hecho para que sea fácil ejecutar SIQ:

Tutoriales de video

Si ha visto todos los videos, ha leído toda la guía del usuario y aún tiene problemas para ejecutar SIQ o analizar sus datos, haga un problema aquí o envíenos un correo electrónico. Consulte el documento SIQ para obtener datos de contacto.

Para aquellos que prefieren seguir el ReadMe, hemos incluido una breve guía del usuario a continuación:

Contenido

• Instalación
• Ejecutando siq
• Análisis de datos con SiqPlotter
• Solución de problemas
• Tutoriales de video

Instalación

• Descargue el último archivo Java .JAR que contiene SIQ de este repositorio aquí

Descargue el último archivo .jar de este repositorio. Puede hacer doble clic en él y debe funcionar directamente. Lo único que necesita es una versión de Java que funcione (1.8 y más). Asegúrese de instalar una versión de 64 bits de Java. Descargue e instale java aquí

Nota: La mayoría de los sistemas operativos, como MacOS y Windows, desconfían de cualquier archivo proveniente de Internet. Para MacOS, mantenga presionada 'Control' + Haga clic en el archivo JAR para abrirlo. Esta notificación solo aparece la primera vez.

Ejecutando siq

Cuando se inicia SIQ, debe ver la siguiente pantalla:

SIQ se puede utilizar para analizar el siguiente tipo de datos:

• Secuencias Sanger (archivos .ab1) ( nota: solo se pueden analizar secuencias de Sanger que contienen una sola mutación )
• Datos de secuencia de extremo único y pareado de Illumina (.Fastq o .fastq.gz archivos)
• Datos de PacBio (.Fastq o .Fastq.gz archivos)
• Data ONT (.FASTQ o .FASTQ.GZ ARCHIVOS) Nota: Asegúrese de verificar la opción 'Habilitar el análisis de lectura a largo plazo (PACBIO/ONT)'

Al configurar sus experimentos de secuenciación específicos, generalmente usa dos cebadores para amplificar su locus de interés. Además, usted (opcionalmente) tiene sitios objetivo esperados para sus experimentos. Este es, por ejemplo, el caso si usa CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI o cualquier otra enzima para apuntar al ADN. También hemos utilizado SIQ para analizar diferentes sitios, como sitios de transposones, sitios de secuencias G-quadruplex. SIQ utiliza estas ubicaciones a 1) intente identificar las alteraciones de la secuencia preferiblemente en esta ubicación. 2) Para asegurarse de que sus cebadores de PCR se amplifiquen desde la ubicación esperada (consulte los filtros a continuación).

SIQ tiene las posibilidades de la siguiente entrada:

• R1 - Archivo de secuenciación (requerido)
• R2 - Archivo de secuenciación de extremo emparejado. Si se proporciona SIQ fusionará R1 y R2 usando Flash (opcional)
• Referencia: archivo de referencia que contiene su secuencia de ADN en formato FASTA. Necesita contener las secuencias de imprimación también si se suministran. Mantenga el archivo de referencia pequeño ya que esto determina el tiempo de ejecución de SIQ (requerido)
• Alias: el nombre de su muestra (requerido)
• Flank izquierdo: el estiramiento de ADN que solo toca su sitio objetivo esperado. Vea a continuación un ejemplo gráfico (requerido, ver flancos)
• Flanco derecho: el estiramiento de ADN que solo toca su sitio objetivo esperado. Vea a continuación un ejemplo gráfico. En el caso de, por ejemplo, Cas9 Nickases, esto puede designar el segundo sitio de destino SGRNA (requerido)
• #Bases Past Primer: el número de bases que su secuencia lee al menos tiene que pasar el cebador para ser incluido como un evento real. Este filtro está allí para asegurarse de que sus cebadores sean recocidos en el sitio de destino en el ADN (predeterminado: 5, 0 deshabilita este filtro)

Configuración opcional:

• Max dice para analizar: el número máximo de lecturas que desea que SIQ analice por muestra (0 es ilimitado)
• Soporte mínimo: el número mínimo de un evento debe verse parte de la salida de SIQ (predeterminado: 2)
• Error base máxima: el error máximo por base que está permitido en una lectura se analiza (predeterminado: 0.05)
• CPU MAX: el número máximo de CPU SIQ puede usar en un momento dado. Tenga en cuenta que SIQ usa un máximo de 1 CPU por archivo (predeterminado: todos)
• Distancia de búsqueda de latas: la distancia relativa a la unión del evento que se incluirá en el espacio de búsqueda para buscar el origen de las inserciones. Un TINS ​​es una inserción plantada (predeterminada: 100)

Siqplotter

Cuando SIQ termine de analizar sus muestras, dará como resultado un archivo de Excel. Este archivo de Excel se puede cargar y visualizar directamente por SiqPlotter

Cargar a SiqPlotter

Consulte la guía del usuario o los tutoriales de video para obtener más detalles sobre cómo usar SiqPlotter.

Solución de problemas

Siq no comienza

El problema es probable que no tenga (la versión correcta de) Java instalada. Asegúrese de descargar e instalar la versión Java más nueva:

Descargar Java

Siq todavía no comienza

Iniciar SIQ desde un terminal (símbolo del sistema en Windows):

1. Comenzar una terminal
2. Vaya al directorio donde está el archivo SIQ JAR (por ejemplo, descargas): cd Downloads
3. Iniciar Siq (en este ejemplo, el archivo es siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. Publique la salida como un problema.

SIQ no funciona en archivos que necesitan fusión de lecturas de extremo emparejado

El Flash del programa que se requiere para su sistema operativo parece no funcionar. Al iniciar SIQ, Flash se copia en el directorio en el que se está ejecutando SIQ. Podría ser que el programa no funcione para su sistema operativo. Verifique la salida de las siguientes comunicaciones para ver si Flash está funcionando

1. Comenzar una terminal
2. Vaya al directorio donde está el archivo SIQ JAR (por ejemplo, descargas): cd Downloads
3. Ejecute flash así (Linux/macOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. Si la salida es diferente, publique la salida como un problema. Consulte la guía del usuario para obtener más opciones

Tutoriales de video

Video 1. Descargar e instalar SIQ

Video 2. Ejecutando SIQ en sus datos

Video 3. Ejecutando SIQ con una referencia HDR para detectar ediciones

Video 4. Opciones avanzadas de SIQ

Video 5. Análisis de datos utilizando SiqPlotter