données spatiales Napari
0.5.3
Ce référentiel contient un plugin Napari pour explorer et annoter de manière interactive les objets SpatialData. Ici vous pouvez trouver la documentation napari-spatialdata. napari-spatialdata fait partie de l'écosystème SpatialData . Pour en savoir plus sur SpatialData, veuillez consulter la documentation spatialdata.
Vous pouvez installer napari-spatialdata via pip :
pip install napari-spatialdata[all]
La commande all installera les liaisons qt PyQt5 .
Vous pouvez trouver plus de détails à ce sujet dans les instructions d'installation.
Si vous souhaitez utiliser le plugin comme lecteur zarr par défaut, dans Napari, veuillez aller dans File -> Preferences -> Plugins et suivez les instructions sous File extension readers .
Vous pouvez installer napari-spatialdata depuis Github avec :
pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata
Ou, vous pouvez également installer en mode modifiable après avoir cloné le dépôt en :
git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .
Remarque : lors de l'exécution d'une installation modifiable de napari-spatialdata , spatialdata sera réinstallée à partir de pip . Ainsi, si vous avez également effectué précédemment une installation modifiable de spatialdata , vous devez réexécuter pip install -e . sur le référentiel spatialdata . Veuillez trouver plus de détails à ce sujet dans les instructions d'installation.
Pour savoir comment utiliser le plugin napari-spatialdata , veuillez consulter la documentation. Pour savoir comment intégrer napari-spatialdata dans vos flux de travail d'analyse, veuillez consulter les didacticiels SpatialData. En particulier:
Annoter des régions d'intérêt avec Napari
Utiliser des annotations de points de repère pour aligner plusieurs couches -omics
Les contributions sont les bienvenues. Les tests peuvent être exécutés avec tox, veuillez vous assurer que la couverture reste au moins la même avant de soumettre une pull request.
Distribué selon les termes de la licence BSD-3, "napari-spatialdata" est un logiciel libre et open source
Si vous rencontrez des problèmes, veuillez déposer un problème accompagné d'une description détaillée.
Marconato, L., Palla, G., Yamauchi, KA et al. SpatialData : un cadre de données ouvert et universel pour l'omique spatiale. Méthodes Nat (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
