Sirius
SIRIUS
Nos méthodes sont proposées à la communauté scientifique sous forme de ressources disponibles gratuitement. La (re)distribution des méthodes, en tout ou en partie, à des fins commerciales est interdite. Les services Web SIRIUS (CSI:FingerID, CANOPUS, MSNovelist et autres) hébergés par le groupe Böcker sont destinés uniquement à la recherche universitaire et à l'enseignement. Veuillez consulter les conditions d'utilisation de la version académique pour plus de détails. Pour les utilisateurs non universitaires, Bright Giant GmbH fournit des licences et tous les services associés. Nous demandons aux utilisateurs de nos outils de citer les articles correspondants dans toute publication résultante.
SIRIUS est un framework logiciel basé sur Java pour l'analyse des données LC-MS/MS des métabolites et autres « petites molécules d'intérêt biologique ». SIRIUS intègre une collection de nos outils, notamment CSI:FingerID (avec COSMIC), ZODIAC, CANOPUS. En particulier, l'interface utilisateur graphique et la version en ligne de commande de SIRIUS intègrent de manière transparente les services Web CSI:FingerID, CANOPUS et MSNovelist.
Les principaux développeurs de SIRIUS sont le groupe Böcker et Bright Giant GmbH.
Documentation en ligne
Tutoriels vidéo
Chapitre de livre sur l'utilisation de SIRIUS 4 (préimpression) -- ne couvre pas la nouvelle option de traitement LC-MS/MS
Données de démonstration
Logos pour publications et présentations
pour Windows (64 bits) : msi / zip
pour Mac (64 bits) : paquet / zip
pour Linux (64 bits) : zip
Toutes les versions (y compris les précédentes) peuvent être trouvées ici.
Pour Windows et MacOS, la version d'installation de SIRIUS (msi/pkg) doit être préférée mais peut nécessiter des autorisations d'administrateur.
Comme nous ne payons pas Microsoft/Apple pour la certification, vous devrez peut-être confirmer que vous souhaitez faire confiance aux « logiciels de source inconnue » sous Windows/MacOS lorsque vous utilisez les installateurs fournis par le groupe Böcker. Par conséquent, nous vous recommandons fortement d'utiliser les installateurs signés fournis par Bright Giant (également lié ci-dessus). Ces installateurs facilitent le processus d'installation en ne déclenchant aucun (ou moins) problème de sécurité du système d'exploitation respectif.
Consultez la documentation pour plus de détails.
Les comptes utilisateur peuvent être créés directement via l'interface graphique SIRIUS. Veuillez utiliser votre adresse e-mail institutionnelle . Les services Web SIRIUS sont gratuits pour une utilisation académique/non commerciale. Habituellement, les établissements universitaires sont identifiés par leur domaine de messagerie et l'accès sera accordé automatiquement. Dans certains cas, une validation plus approfondie de votre diplôme académique/non commercial peut être requise. Voir également la documentation SIRIUS – Compte et licence.
SIRIUS
SDK Java SIRIUS-API
SDK SIRIUS-API
Pour obtenir des nouvelles, de l'aide ou poser des questions, veuillez rejoindre notre communauté Gitter #sirius-ms:gitter.im .
Pour les rapports de bogues ou les demandes de fonctionnalités, veuillez utiliser les problèmes sur notre GitHub. Ou consultez la documentation pour plus d'informations sur ce sujet.
Les arbres et spectres de fragmentation peuvent être directement téléchargés de SIRIUS vers les services Web CSI:FingerID, CANOPUS et MSNovelist. Les résultats sont récupérés à partir du service Web et peuvent être affichés dans l'interface utilisateur graphique SIRIUS. Cette fonctionnalité est également disponible pour l'outil de ligne de commande SIRIUS. Les structures de formation pour les prédicteurs de CSI:FingerID sont disponibles via l'API Web CSI:FingerID :
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (structures d'entraînement pour le mode ions positifs)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (structures d'entraînement pour le mode ions négatifs)
L’interprétation manuelle des spectres de masse en tandem prend du temps et n’est pas triviale. SIRIUS analyse le modèle de fragmentation, aboutissant à un arbre de fragmentation hypothétique, dans lequel les nœuds sont annotés avec des formules moléculaires des fragments et les arcs (bords) représentent les événements de fragmentation (pertes). SIRIUS permet l'analyse automatisée et à haut débit de données MS de petits composés au-delà de la composition élémentaire sans nécessiter de structures composées ou de base de données spectrales de masse.
SIRIUS déduit les formules moléculaires de petits composés en classant les profils isotopiques à partir de spectres de masse à haute résolution. Après prétraitement, le résultat d’un spectromètre de masse est une liste de pics qui correspond aux masses des molécules de l’échantillon et à leur abondance. En principe, les compositions élémentaires de petites molécules peuvent être identifiées uniquement en utilisant des masses précises. Cependant, même avec une très grande précision de masse, de nombreuses formules sont obtenues dans des régions de masse plus élevée. La spectrométrie de masse à haute résolution nous permet de déterminer le profil isotopique de la molécule échantillon avec une précision exceptionnelle et d'appliquer ces informations pour identifier la composition élémentaire de la molécule échantillon. SIRIUS peut être téléchargé soit sous forme d'interface utilisateur graphique (voir Sirius GUI), soit sous forme d'outil de ligne de commande.
Kai Dührkop, Markus Fleischauer, Marcus Ludwig, Alexander A. Aksenov, Alexey V. Melnik, Marvin Meusel, Pieter C. Dorrestein, Juho Rousu et Sebastian Böcker. SIRIUS 4 : Transformer les spectres de masse tandem en informations sur la structure des métabolites. Méthodes naturelles 16, 299-302, 2019.
Michael A. Stravs et Kai Dührkop, Sebastian Böcker et Nicola Zamboni. MSNovelist : Génération de structures de novo à partir de spectres de masse. Nature Methods 19, 865-870, 2022. (Citer si vous utilisez : MSNovelist)
Martin A. Hoffmann, Louis-Félix Nothias, Marcus Ludwig, Markus Fleischauer, Emily C. Gentry, Michael Witting, Pieter C. Dorrestein, Kai Dührkop et Sebastian Böcker. Annotation structurelle de haute confiance des métabolites absents des bibliothèques spectrales. Nature Biotechnology 40, 411-421, 2022. (Citer si vous utilisez : CSI:FingerID , COSMIC )
Kai Dührkop, Louis-Félix Nothias, Markus Fleischauer, Raphael Reher, Marcus Ludwig, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, William H. Gerwick, Juho Rousu, Pieter C. Dorrestein et Sebastian Böcker. Classification systématique de métabolites inconnus à l'aide de spectres de masse par fragmentation à haute résolution. Nature Biotechnology , 2020. (Citer si vous utilisez CANOPUS )
Yannick Djoumbou Feunang, Roman Eisner, Craig Knox, Leonid Chepelev, Janna Hastings, Gareth Owen, Eoin Fahy, Christoph Steinbeck, Shankar Subramanian, Evan Bolton, Russell Greiner, David S. Wishart. ClassyFire : classification chimique automatisée avec une taxonomie complète et calculable. Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016. (publication ClassyFire ; citez ceci si vous utilisez CANOPUS )
Marcus Ludwig, Louis-Félix Nothias, Kai Dührkop, Irina Koester, Markus Fleischauer, Martin A. Hoffmann, Daniel Petras, Fernando Vargas, Mustafa Morsy, Lihini Aluwihare, Pieter C. Dorrestein, Sebastian Böcker. Annotation de formules moléculaires indépendante de la base de données utilisant l'échantillonnage de Gibbs via ZODIAC. Nature Machine Intelligence 2, 629-641, 2020. (Citer si vous utilisez ZODIAC )
Kai Dührkop et Sebastian Böcker. Arbres de fragmentation rechargés. Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016. (Citer ceci pour l'analyse des modèles de fragmentation et le calcul de l'arbre de fragmentation )
Kai Dührkop, Huibin Shen, Marvin Meusel, Juho Rousu et Sebastian Böcker. Recherche de bases de données de structures moléculaires avec des spectres de masse tandem à l'aide de CSI:FingerID. Actes de la National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015. (citez ceci lorsque vous utilisez CSI:FingerID )
Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták et Anton Pervukhin. SIRIUS : décomposition des modèles isotopiques pour l'identification des métabolites. Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009. (Citer ceci pour l'analyse des profils isotopiques )
Shipei Xing, Sam Shen, Banghua Xu, Xiaoxiao Li et Tao Huan. BUDDY : découverte de formules moléculaires via une interrogation MS/MS ascendante. Nature Methods 20, 881-890, 2023. (Citer si vous utilisez : Génération ascendante de formules moléculaires)
Marcus Ludwig, Kai Dührkop et Sebastian et Böcker. Réseaux bayésiens pour l'identification de métabolites par spectrométrie de masse via des empreintes moléculaires. Bioinformatique , 34(13) : i333-i340. 2018. Proc. des systèmes intelligents pour la biologie moléculaire (ISMB 2018). (Citer pour CSI : FingerID Scoring)
W. Timothy J. White, Stephan Beyer, Kai Dührkop, Markus Chimani et Sebastian Böcker. Sous-arbres colorés rapides. Dans Proc. of Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2015) , volume 9198 de Lect Notes Comput Sci , pages 310-322. Springer, Berlin, 2015. (citez ceci pour expliquer pourquoi les calculs sont rapides , même sur un ordinateur portable)
Huibin Shen, Kai Dührkop, Sebastian Böcker et Juho Rousu. Identification des métabolites grâce à l'apprentissage de plusieurs noyaux sur des arbres de fragmentation. Bioinformatique , 30(12):i157-i164, 2014. Proc. des systèmes intelligents pour la biologie moléculaire (ISMB 2014). (Présente la machinerie derrière CSI:FingerID )
Imran Rauf, Florian Rasche, François Nicolas et Sebastian Böcker. Trouver le maximum de sous-arbres colorés en pratique. J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013. (Plus de travaux antérieurs sur les raisons pour lesquelles les calculs sont rapides aujourd'hui)
Heinonen, M. ; Shen, H. ; Zamboni, N. ; Rousu, J. Identification des métabolites et prédiction des empreintes moléculaires grâce à l'apprentissage automatique. Bioinformatique , 2012. Vol. 28, n° 18, pp. 2333-2341. (Introduit l' idée de prédire les empreintes moléculaires à partir de données MS tandem)
Florian Rasche, Aleš Svatoš, Ravi Kumar Maddula, Christoph Böttcher et Sebastian Böcker. Calcul d'arbres de fragmentation à partir de données de spectrométrie de masse en tandem. Chimie analytique (2011) 83 (4) : 1243-1251. (Citer ceci pour l'introduction des arbres de fragmentation utilisés par SIRIUS)
Sébastien Böcker et Florian Rasche. Vers une identification de novo des métabolites par analyse de spectres de masse en tandem. Bioinformatique (2008) 24 (16) : i49-i55. (Le tout premier article à mentionner les arbres de fragmentation utilisés par SIRIUS)
À partir de la version 4.4.27, SIRIUS est sous licence GNU Affero General Public License (GPL). Si vous intégrez SIRIUS dans d'autres logiciels, nous vous encourageons fortement à rendre l'utilisation de SIRIUS ainsi que la documentation à citer transparente pour l'utilisateur.
