Base de données RaMP
v2.3.3
RaMP 3.0 est maintenant publié et comprend une base de données principale mise à jour avec des annotations étendues pour >200 000 métabolites et environ 16 000 gènes/protéines. Les annotations incluent les voies biologiques, les classes et structures chimiques (pour les métabolites uniquement), les ontologies (métabolites uniquement) et les relations enzyme-métabolite basées sur des réactions chimiques. Les annotations sont tirées de la base de données de réactions HMDB, KEGG (via HMDB), Lipid-MAPS, WikiPathways, Reactome, CheBI et Rhea.
Ce package R comprend des fonctions qui permettent aux utilisateurs de s'interfacer avec cette ressource mise à jour et complète. Les fonctionnalités comprennent 1) des requêtes simples et par lots pour les voies, les ontologies, les annotations chimiques et les relations gène-métabolite au niveau de la réaction ; 2) analyses de voie et d'enrichissement chimique.
Le code utilisé pour créer la base de données backend RaMP est disponible gratuitement sur https://github.com/ncats/RaMP-Backend.
Veuillez cliquer ici pour consulter notre dernier manuscrit.
Notre nouvelle interface Web remaniée est disponible sur https://rampdb.nih.gov/. Le code est accessible au public sur https://github.com/ncats/RaMP-Client/.
L'accès à l'API est désormais disponible ici.
Le but de RaMP est de fournir une base de données accessible au public qui intègre les métabolites et les gènes/protéines biologiques, chimiques et autres provenant de sources multiples. La structure et les données de la base de données sont disponibles sous forme de fichier de base de données SQLite et sont directement téléchargées lors de l'utilisation du package RaMP. Veuillez consulter les instructions d'installation pour plus d'informations. Veuillez noter que ce projet est en développement continu et nous apprécions tous vos commentaires.
Pour toute question ou commentaire, veuillez nous envoyer une note à [email protected].
Si vous trouvez un bug, veuillez soumettre un problème via ce dépôt GitHub.
Les packages R et l'application associée effectuent les requêtes suivantes :
1. Retrieve analytes (genes, proteins, metabolites) given pathway(s) as input.
2. Retrieve pathway annotations given analytes as input.
3. Retrieve chemical annotations/structures given metabolites as input.
4. Retrieve analytes involved in the same reaction (e.g. enzymes catalyzing reactions involving input metabolites)
5. Retrieve ontologies (e.g. biospecimen location, disease, etc.) given input meteabolites.
6. Retrieve reactions associated with a list of metabolite and gene/protein input ids.
7. Multi-omic pathway enrichment analysis
8. Chemical enrichment analyses
Des instructions détaillées pour installer RaMP localement sont ci-dessous. Nous avons également élaboré une vignette pour vous aider à démarrer les analyses. Cliquez ici pour la vignette.
Si vous utilisez RaMP-DB, veuillez citer les travaux suivants :
Braisted J, Patt A, Tindall C, Sheils T, Neyra J, Spencer K, Eicher T, Mathé EA. RaMP-DB 2.0 : une base de connaissances rénovée pour obtenir des informations biologiques et chimiques à partir de métabolites, de protéines et de gènes. Bioinformatique. 1er janvier 2023;39(1):btac726. est ce que je : 10.1093/bioinformatique/btac726. PMID : 36373969 ; PMCID : PMC9825745. Pour y accéder, cliquez ici
Zhang, B., et al., RaMP : Une base de données relationnelle complète des voies métabolomiques pour l'analyse de l'enrichissement des voies des gènes et des métabolites. Métabolites, 2018. 8(1). PMID : 29470400 ; PMCID : PMC5876005 ; DOI : 10.3390/metabo8010016 Pour y accéder, cliquez ici
Afin d'utiliser ce package R localement, vous devrez installer le code R sous ce référentiel.
Remarque spéciale : il existe une incompatibilité (rapportée ici : https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2023-October/020003.html) entre la version de BiocFileCache installée à l'aide de BiocManager (2.8.0) et la version actuelle. dernière version (2.10.1). Ce dernier doit être compatible avec les autres dépendances de RaMP-DB. Pour installer la dernière version, vous devrez télécharger le fichier source depuis Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html), puis l'installer à l'aide de la fonction install.packages(). Pour un Mac, cela ressemble à ceci :
install.packages("/Users/mathee/Downloads/BiocFileCache_2.10.1.tgz")
Vous pouvez installer ce package directement depuis GitHub à l'aide de la fonction install_github() disponible via le package devtools. Dans la console R, saisissez ce qui suit :
# Locally install RaMP
install.packages( " devtools " )
library( devtools )
install_github( " ncats/RAMP-DB " )
# Load the package
library( RaMP )
# initializes the RaMP database object, downloading and caching the latest SQLite database
# if no version already exists in local cache.
rampDB <- RaMP()
# note that you can use the following method to check database versions hosted in your
# computer's local cache and databases that are available to download in our remote repository.
RaMP :: listAvailableRaMPDbVersions()
# using that list of available RaMP DB versions, one can specify the database version to use
# if the selected version is not available on your computer, but is in our remote repository at GitHub,
# the SQLite DB file will be automatically downloaded into local file cache.
# RaMP is using the BiocFileCache package to manage a local file cache.
rampDB <- RaMP( version = " 2.5.4 " )
Lorsque les identifiants de gènes ou de métabolites sont saisis pour les requêtes, les identifiants doivent être précédés de leur base de données d'origine, par exemple kegg:C02712, hmdb:HMDB04824 ou CAS:2566-39-4. La liste des identifiants de métabolites ou de gènes/protiens peut être de source mixte. N'oubliez pas d'inclure les deux points dans le préfixe. Les préfixes d'identification actuellement inclus dans RaMP sont :
| Type d'analyte | Types de préfixes d'identification |
|---|---|
| Métabolites | hmdb, pubchem, chebi, chemspider, kegg, CAS, LIPIDMAPS, swisslipids, lipidbank, wikidata, plantfa, kegg_glycan |
| Gènes/Protéines | ensembl, entrez, gene_symbol, uniprot, hmdb, ncbiprotein, EN, wikidata, chebi |
Les fonctions RaMP suivantes peuvent être utilisées pour répertorier tous les types de préfixes d'identification représentés.
rampDB <- RaMP()
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'metabolite')
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'gene')
