Accédez au site Web du NCBI : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Recherchez votre organisme comme indiqué pour Fusarium dans la case rectangulaire rouge de la figure 1.
Les résultats de la recherche seront affichés sous différentes catégories (Fig. 1)
Cliquez sur la base de données Genomes comme indiqué par l'hexagone rouge sur la figure 1.
Figure 1 : Recherchez votre organisme dans la base de données NCBI.
Vous verrez quelque chose comme la Fig. 2
Cochez la case de montage comme indiqué par le cercle rouge sur la Fig. 2
Cliquez sur l'onglet Sélectionner les colonnes comme indiqué par le rectangle rouge sur la figure 2.
Figure 2 : Sélectionnez les métadonnées qui vous intéressent.
Figure 3 : Métadonnées disponibles.
Cliquez sur l'onglet Télécharger comme indiqué par le cercle rouge sur la figure 4.
Sélectionnez Télécharger le tableau dans le menu déroulant
Sélectionnez le format TSV (Valeurs séparées par des tabulations)
Cliquez sur Télécharger
Figure 4 : Téléchargez les métadonnées.
Un fichier TSV contenant les métadonnées sera téléchargé.
Vous pouvez ouvrir le fichier TSV dans Excel comme sur la figure 5.
Figure 5 : Fiche de métadonnées.
Vous disposez désormais d’une feuille Excel contenant les métadonnées de toutes les séquences génomiques disponibles de Fusarium.
Vous pouvez trier ces informations et sélectionner les numéros d'assemblage que vous souhaitez télécharger.
Consultez ce tutoriel pour savoir comment télécharger automatiquement des séquences du génome :
https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically
