ldsc corrplot rg

corrplot des résultats de corrélation génétique LDSC

Aperçu

Ce dépôt fournit notre script pour reproduire corrplot de corrélation génétique (Fig. 2) sur la base des résultats de régression bivariée du score LD (Kanai, M. et al ., Nat. Genet. 2018).

Exigences

• R avec dplyr et notre version modifiée de corrplot (mkanai/corrplot).

 install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

Graphique de corrélation génétique (Fig. 2)

Nous avons modifié corrplot pour visualiser les corrélations génétiques par paires estimées via une régression bivariée du score LD. Les carrés plus grands correspondent à des FDR plus significatifs ( corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) ). Les corrélations significatives (FDR < 0,05) sont indiquées par des astérisques ( corrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') ).

Usage

 Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

Entrée : corrélations génétiques ( input_rg.txt )

Ce fichier fournit une liste de toutes les corrélations génétiques par paires estimées via le logiciel ldsc. Le script s'attend à ce que toutes les lignes soient uniques ( c'est-à-dire une ligne pour chaque paire de traits). Les champs obligatoires sont les suivants :

• p1_category : Catégorie de trait du trait 1
• p1 : Caractère 1
• p2_category : Catégorie de trait du trait 2
• p2 : Caractère 2
• rg : Corrélation génétique
• p : valeur P
• q : valeur q du FDR

Entrée : liste de traits ( traitlist.txt )

Ce fichier fournit une liste de traits et leurs catégories. Il définit une couleur de chaque catégorie dans une figure. Les champs obligatoires sont les suivants :

• CATEGORY : Catégorie de trait
• TRAIT : Nom du caractère
• COLOR : Couleur de la catégorie

Sortir

Un exemple de sortie est présenté ci-dessous. Pour obtenir la figure publiée, nous avons édité une sortie PDF à l'aide d'Adobe Illustrator.

Citation

Le package corrplot d'origine :

• Taiyun Wei et Viliam Simko. Package R "corrplot" : Visualisation d'une matrice de corrélation (Version 0.85). (2018) Disponible sur https://github.com/taiyun/corrplot.

Les exemples de données et le chiffre publié :

• Kanai, M. et coll . L'analyse génétique des traits quantitatifs de la population japonaise relie les types de cellules à des maladies humaines complexes. Nat. Genet. 50 , 390-400 (2018). est ce que je:10.1038/s41588-018-0047-6

Contact

Masahiro Kanai ([email protected])

http://mkanai.github.io/

Links

• JENGER (le site du laboratoire)
• Le projet BioBank Japon
• Centre RIKEN pour les sciences médicales intégratives
• Base de données humaine du Centre national de base de données sur les biosciences
• corrplot
• ldsc