cromwell
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Cromwell est un système de gestion de flux de travail open source pour la bioinformatique. La licence est BSD 3-Clause.
La documentation Cromwell dispose d'un site dédié.
Première fois à Cromwell ? Commencez avec les didacticiels.
Vous envisagez de contribuer à Cromwell ? Commencez par lire notre Guide du contributeur.
Cromwell dispose d'un écosystème croissant de projets soutenus par la communauté pour rendre votre expérience encore meilleure ! Consultez notre page Écosystème pour en savoir plus.
Parlez-nous :
De nombreux utilisateurs exécutent aujourd'hui leurs flux de travail WDL dans Terra, une plate-forme bioinformatique gérée dans le cloud avec prise en charge WDL intégrée fournie par Cromwell. Voir ici pour un guide de démarrage rapide.
Les utilisateurs ayant des besoins spécialisés et souhaitant installer et maintenir leurs propres instances Cromwell peuvent télécharger une image JAR ou Docker. L'équipe de développement accepte les rapports de bogues reproductibles provenant d'instances autogérées, mais ne peut pas fournir de support direct.
Les backends de Cromwell reçoivent des ressources de développement proportionnelles à la demande des utilisateurs. L'équipe développe activement pour Google Cloud et Microsoft Azure (voir Cromwell sur Azure). La maintenance des autres backends est principalement basée sur la communauté.
Cromwell prend en charge le langage de workflow WDL. Cromwell version 80 et supérieure ne prend plus en charge CWL.
CWL sera réintroduit ultérieurement dans la plateforme Terra, en utilisant une autre solution que Cromwell. Consultez l'article de blog « Feuille de route de Terra pour prendre en charge davantage de langages de workflow » pour plus de détails.
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