RCAS

Projet RCAS

Introduction

RCAS est un package R/Bioconductor conçu comme un outil de reporting générique pour l'analyse fonctionnelle des régions d'intérêt à l'échelle du transcriptome détectées par des expériences à haut débit. De telles régions transcriptomiques pourraient être, par exemple, des pics de signal détectés par analyse CLIP-Seq pour des sites d'interaction protéine-ARN, des sites de modification d'ARN (alias l'épitranscriptome), des emplacements de balises CAGE ou tout autre ensemble de régions de requête au niveau du transcriptome. RCAS produit des résumés d'annotations approfondis et des profils de couverture basés sur la distribution des régions de requête par rapport aux caractéristiques de transcription (exons, introns, régions UTR 5'/3', limites exon-intron, régions promotrices). De plus, RCAS peut effectuer des analyses d'enrichissement fonctionnel et la découverte de motifs discriminants. RCAS prend en charge toutes les versions du génome disponibles dans BSgenome::available.genomes

installation:

Installation à partir d'un bioconducteur

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Installation de la version de développement depuis Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Installation via le canal Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Installation via Guix

guix package -ir r-rcas

usage:

Vignettes d'emballage et manuel de référence

Pour des instructions détaillées sur l’utilisation de RCAS, veuillez consulter :

• vignette d'emballage pour l'analyse d'un échantillon unique
• vignette de package pour l'analyse multi-échantillons
• manuel de référence pour plus d’informations sur les fonctions détaillées disponibles dans RCAS.

Cas d'utilisation issus d'ensembles de données omiques publiés basés sur l'ARN

Cas d'utilisation de l'analyse multi-échantillons

• Voir un exemple de rapport comparant les régions de pic découvertes via des expériences de séquençage CLIP de la protéine de liaison à l'ARN FUS par Nakaya et al, 2013, Synaptic Functional Regulator FMR1 par Ascano et al. 2012, et facteur d'initiation eucaryote 4A-III de Sauliere et al, 2012.

Cas d'utilisation de l'analyse d'échantillon unique

• Rapport RCAS pour les sites de liaison à l'ARN PUM2 détectés par la technique PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrée : PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• Rapport RCAS pour les sites de liaison à l'ARN QKI détectés par la technique PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrée : PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• Rapport RCAS pour les sites de liaison à l'ARN IGF2BP123 détectés par la technique PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrée : PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• Rapport RCAS pour les minuscules locus d'ARN (tiARN) détectés par analyse deepCAGE (Taft et al. 2009)

  • entrée : human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• Rapport RCAS pour les sites de méthylation m ¹ A (Dominissini et al, 2016)

  • entrée : GSE70485_human_peaks.txt.gz

Citation

Pour citer RCAS, veuillez utiliser :

Bora Uyar, Dilmurat Yusuf, Ricardo Wurmus, Nikolaus Rajewsky, Uwe Ohler, Altuna Akalin ; RCAS : un système d'annotation centré sur l'ARN pour les régions d'intérêt à l'échelle du transcriptome. Acides nucléiques Res 2017 gkx120. est ce que je: 10.1093/nar/gkx120

Voir notre publication ici.

Remerciements

RCAS est développé dans le groupe d'Altuna Akalin (responsable de la plateforme scientifique de bioinformatique) par Bora Uyar (scientifique en bioinformatique), Dilmurat Yusuf (scientifique en bioinformatique) et Ricardo Wurmus (administrateur système) à l'Institut de biologie des systèmes médicaux de Berlin (BIMSB) à le Centre Max-Delbrueck de médecine moléculaire (MDC) à Berlin.

RCAS est développé en tant que service bioinformatique au sein du RNA Bioinformatics Center, qui est l'un des huit centres du réseau allemand pour l'infrastructure bioinformatique (de.NBI).