URD
Version 1.1.1
URD est un package R conçu pour reconstruire les trajectoires transcriptionnelles sous-jacentes aux processus de spécification ou de différenciation sous la forme d'un arbre de branchement, à l'aide de données de séquençage d'ARN unicellulaire. Il porte le nom du personnage mythologique nordique qui nourrit l’arbre du monde et décide de tous les destins.
L'URD est décrit dans :
Reconstruction unicellulaire des trajectoires de développement au cours de l'embryogenèse du poisson zèbre.
Farrell JA & Wang Y (contribution égale), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A & Schier AF (contribution égale).
Science 26 avril 2018. est ce que je: 10.1126/science.aar3131
Pour commencer, consultez le didacticiel de démarrage rapide : (Afficher) (Télécharger)
L'analyse supplémentaire complète de Farrell & Wang, et al. qui décrit la reconstruction des trajectoires de développement au cours de l'embryogenèse du poisson zèbre (3,3 à 12 heures après la fécondation) est également disponible.
L'analyse supplémentaire complète de Siebert, Farrell et al. qui décrit la reconstruction des trajectoires de développement chez l'hydre adulte est également disponible.
Un didacticiel pour tracer les données traitées de Siebert, Farrell et al. (voir ci-dessous pour le téléchargement) est disponible ici
L'objet URD traité issu de l'embryogenèse du poisson zèbre (3,3 à 12 heures après la fécondation) de Farrell & Wang, et al. peut être téléchargé à partir du portail Broad Single-Cell (connexion requise).
Les objets URD traités d'Hydra adulte de Siebert, Farrell et al. peut être téléchargé à partir du portail Broad Single-Cell (connexion requise) ou à partir de Data Dryad.
Les modifications détaillées et les versions mineures sont répertoriées dans NEWS.md
La version 1.1 est sortie ! Cela inclut de nouvelles fonctions permettant d'utiliser l'analyse du module NMF pour détecter et supprimer les doublets, de nouvelles fonctions permettant d'examiner l'expression des gènes par rapport au pseudo-temps et de nouvelles fonctions de traçage pour inspecter les données. Il accompagne la publication Trajectoires de différenciation des cellules souches dans Hydra résolues à une résolution unicellulaire.
La version 1.0 est sortie ! Il accompagne notre manuscrit Reconstruction unicellulaire des trajectoires de développement au cours de l'embryogenèse du poisson zèbre !
