congas

Génotypage du nombre de copies à partir du séquençage d'ARNc

Un ensemble de modèles et de fonctions Pyro pour déduire le CNA à partir des données scRNA-seq. Il est livré avec un package R compagnon qui fonctionne comme une interface et fournit des routines de prétraitement, de simulation et de visualisation. Nous suggérons d'utiliser le package R directement car il sert principalement de backend pour les calculs.

Fournissant actuellement :

• Un modèle de mélange sur des segments où les CNV sont modélisées comme variable aléatoire LogNormal (MixtureGaussian)

• Un modèle de mélange sur des segments où les CNV sont modélisés comme variable aléatoire catégorielle (MixtureCategorical)

• Un simple Hmm où les CNV sont à nouveau catégoriques, mais il n'y a pas de clustering (SimpleHmm)

Pour installer :

$ pip install congas-old

Pour exécuter une analyse simple sur les exemples de données

 importer des congas en tant que cnfrom congas.models importer MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, loss = cn.run_analysis(data_dict,MixtureGaussian, steps=200, lr=0.05)