straw

Straw : diffusez rapidement des données à partir de fichiers .hic

Straw est une bibliothèque qui permet une diffusion rapide des données de contact à partir de fichiers .hic. Ce référentiel contient le code source des versions C++, R, Python et MATLAB de Straw.

• Pour la version Java, voir : https://github.com/aidenlab/java-straw/
• Pour la version Javascript, voir : https://github.com/igvteam/hic-straw/

Il existe deux versions de Python : une version purement Python et une qui encapsule le code C++ avec pybind11. L'ancienne version est obsolète au profit de l'utilisation de la version pybind11, qui est beaucoup plus rapide.

• À des fins d'archivage, la version pure python a été déplacée vers : https://github.com/aidenlab/pystraw

Un exemple d'utilisation de paille dans un notebook Jupyter peut être trouvé ici : https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Installer de la paille pour python

Utilisez pip install hic-straw . Si vous souhaitez construire à partir du code source, vous devez avoir installé pybind11. Clonez la bibliothèque et cd dans le répertoire straw/ . Puis pip install ./pybind11_python .

Compiler de la paille pour C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

Vous devez avoir installé cURL. Veuillez consulter le wiki pour plus de documentation.

Pour toute question, veuillez utiliser le groupe Google.

Le travail de développement en cours est effectué par Muhammad S. Shamim. Les anciens contributeurs incluent Neva C. Durand et bien d'autres.

Si vous utilisez cet outil dans votre travail, veuillez citer

Neva C. Durand, James T. Robinson, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Jill P. Mesirov, Eric S. Lander et Erez Lieberman Aiden. "Juicebox fournit un système de visualisation des cartes de contacts Hi-C avec un zoom illimité." Systèmes cellulaires 3(1), 2016.