Cascade profonde de réseaux neuronaux convolutifs et de réseaux neuronaux récurrents convolutifs pour la reconstruction d'images IRM
Reconstruisez des images IRM à partir de ses mesures sous-échantillonnées à l’aide de Deep Cascade of Convolutional Neural Networks (DC-CNN) et de Convolutional Recurrent Neural Networks (CRNN-MRI). Ce référentiel contient l'implémentation de DC-CNN à l'aide de Theano et Lasagne, et de CRNN-MRI à l'aide de PyTorch, ainsi que des démos simples. Notez que la bibliothèque nécessite la version dev de Lasagne et Theano, ainsi que le backend pygpu pour utiliser la bibliothèque CUFFT. La version de PyTorch doit être supérieure à Torch 0.4. Une partie de l'ensemble de données sur les jouets emprunté à
Usage:
python main_2d.py --num_epoch 5 --batch_size 2
Reconstruisez des images IRM dynamiques à partir de ses mesures sous-échantillonnées à l'aide de DC-CNN avec couche de partage de données. Notez que la bibliothèque nécessite CUDNN en plus de l'exigence spécifiée ci-dessus.
Usage:
python main_3d.py --acceleration_factor 4
Reconstruisez des images IRM dynamiques à partir de ses mesures sous-échantillonnées à l'aide de réseaux neuronaux récurrents convolutifs. Il s'agit d'une implémentation de pytorch nécessitant Torch 0.4.
Usage:
python main_crnn.py --acceleration_factor 4
Si vous utilisez le code pour votre travail, ou si vous avez trouvé le code utile, veuillez citer les ouvrages suivants.
Reconstitution 2D :
Schlemper, J., Caballero, J., Hajnal, JV, Price, A. et Rueckert, D. Une cascade profonde de réseaux de neurones convolutifs pour la reconstruction d'images IRM. Traitement de l'information en imagerie médicale (IPMI), 2017
L'article est également disponible sur arXiv :
Reconstruction dynamique :
Schlemper, J., Caballero, J., Hajnal, JV, Price, A. et Rueckert, D. Une cascade profonde de réseaux de neurones convolutifs pour la reconstruction dynamique d'images IRM. ArXiv1704.02422
L'article est également disponible sur arXiv :
Reconstruction dynamique à l'aide de CRNN :
Qin, C., Schlemper, J., Caballero, J., Hajnal, JV, Price, A. et Rueckert, D. Réseaux de neurones récurrents convolutifs pour la reconstruction dynamique d'images IRM. Transactions IEEE sur l'imagerie médicale (2018).
L'article est également disponible sur arXiv :
