Suivi de dictée
Table des matières
- À propos
- Captures d'écran et exemples de suivi
- Tutoriel vidéo
- Code
- Licence
- Comment citer
- Le suivi des dictées dans la littérature
À propos
Dicty Tracking est un outil autonome basé sur MATLAB® développé pour le suivi semi-automatique des cellules migrantes de Dictyostelium discoideum à partir de séries d'images accélérées à contraste de phase. L'outil nécessite Fiji/ImageJ et l'installation de MATLAB Runtime.
Comment ça marche
- Détection cellulaire : à l'aide de l'opérateur Sobel implémenté dans Image Processing Toolbox de MATLAB® ainsi que des étapes ultérieures de dilatation et d'érosion. Dicty tracking est capable de détecter efficacement les corps cellulaires des cellules Dictyostelium en migration à partir d'images à contraste de phase. L'ajustement de plusieurs paramètres affectant la précision de la détection du corps cellulaire est possible et peut être nécessaire dans certains cas.
- Contrôle qualité et sélection cellulaire : la précision de la détection du corps cellulaire peut être vérifiée par l'utilisateur dans Fidji/ImageJ. Ensuite, une interface utilisateur graphique (GUI) permet la sélection des cellules qui doivent être suivies par l'algorithme. Habituellement, certaines cellules doivent être exclues des analyses en raison d’une collision, d’une division ou parce qu’elles quittent le champ de vision.
- Suivi des cellules et exportation des données : l'algorithme Dicty Tracking suit les cellules sélectionnées en connectant les centroïdes d'une cellule à chaque instant de la série d'images. Dicty Tracking génère une pile .tif avec des pistes de cellules de couleurs différentes et enregistre les paramètres suivants de chaque cellule suivie à chaque instant dans une feuille Excel :
- position x et y
- distance jusqu'au point précédent (taille du pas)
- longueur totale de la piste
- distance directe du point de départ
- vitesse instantanée
- angle instantané (angle entre le vecteur déplacement et l'axe x, voir le guide utilisateur pour plus de détails)
- angle de braquage (différence des angles instantanés ultérieurs)
- le cosinus de l'angle de braquage.
- Analyses complémentaires : Dicty Tracking est livré avec des classeurs Excel supplémentaires basés sur VBA permettant le calcul de
- vitesse moyenne
- rapport de directivité
- déplacement carré moyen (MSD).
Une description plus détaillée du suivi des cellules Dictyostelium et de l'analyse de migration ultérieure avec Dicty Tracking est fournie dans le guide de l'utilisateur .
Captures d'écran et exemples de suivi
Fenêtre de réglage des paramètres de détection des cellules
Contrôle de la détection cellulaire à l’aide de Fidji/ImageJ
Interface graphique pour la sélection des cellules à suivre
Suivre les données exportées dans un classeur Excel
Calcul du MSD avec un classeur Excel associé
Cellules Dictyostelium de type sauvage Ax2 migrant librement (non confinées) et aléatoirement, suivies avec Dicty Tracking
Cellules Dictyostelium de type sauvage Ax2 confinées par une tranche d'agarose à 1,5 % de 0,17 nm suivie avec Dicty Tracking
Tutoriel vidéo
Un court didacticiel vidéo (environ 3 minutes) pour Dicty Tracking est disponible sur vimeo.com .
Code
Le code derrière Dicty Tracking est stocké dans le code source du sous-référentiel. Un accès rapide et direct aux fichiers de code particuliers est possible via les liens suivants :
- Code MATLAB®
- Dicty_tracking_v1_3.m : identification du corps cellulaire, extraction du centroïde, interface graphique de sélection de cellules, suivi, exportation de données
- Code VBA des classeurs Excel associés
- trajectories.vb : déplace les trajectoires de toutes les cellules suivies vers l'origine (pour la génération de tracés de trajectoire)
- speed.vb : calcule la vitesse moyenne de toutes les cellules suivies d'une série d'images
- dir ratio.vb : calcule le rapport dir moyen de toutes les cellules suivies d'une série d'images
- MSD Preparation.vb : prépare les données de suivi pour l'importation dans le classeur de calcul MSD
- MSD_1.vb, MSD_2.vb, MSD_3.vb et MSD_4.vb : permettent le calcul du déplacement carré moyen (MSD) à chaque instant pour jusqu'à 4 populations cellulaires différentes
Licence
L'outil et ses fichiers associés, notamment les classeurs Excels, le guide de l'utilisateur et les exemples de films, sont sous licence MIT.
Le suivi des dictées dans la littérature
Dicty Tracking et/ou les fichiers associés ont été utilisés dans les documents de recherche suivants :
- Litschko C, Brühmann S, Csiszár A, Stephan T, Dimchev V, Damiano-Guercio J, Junemann A, Körber S, Winterhoff M, Nordholz B, Ramalingam N, Peckham M, Rottner K, Merkel R, Faix J. (2019) L'intégrité fonctionnelle du cortex d'actine contractile est protégée par plusieurs formines liées à la diaphane . Proc Natl Acad Sci USA 116(9):3594-3603. https://doi.org/10.1073/pnas.1821638116
- Litschko C, Linkner J, Brühmann S, Stradal TEB, Reinl T, Jänsch L, Rottner K, Faix J. (2017) Fonctions différentielles des sous-unités complexes de régulation WAVE dans la régulation des processus pilotés par l'actine . Eur J Cell Biol. 96(8):715-727. https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2017.08.003
- Latham SL, Ehmke N, Reinke PYA, Taft MH, Eicke D, Reindl T, Stenzel W, Lyons MJ, Friez MJ, Lee JA, Hecker R, Frühwald MC, Becker K, Neuhann TM, Horn D, Schrock E, Niehaus I , Sarnow K, Grützmann K, Gawehn L, Klink B, Rump A, Chaponnier C, Figueiredo C, Knöfler R, Manstein DJ, Di Donato N (2018) Les variantes des exons 5 et 6 de l'ACTB provoquent une thrombocytopénie syndromique . Nat Commun. 9(1):4250. https://doi.org/10.1038/s41467-018-06713-0
Dicty Tracking est en outre décrit dans un chapitre de méthode sur l'analyse de la migration aléatoire de Dictyostelium . Ce chapitre fournit également des informations détaillées sur la préparation d'échantillons confinés et non confinés, l'acquisition d'images et des conseils utiles :
- Litschko C, Damiano-Guercio J, Brühmann S, Faix J (2018) Analyse de la migration aléatoire de l'amibe Dictyostelium dans des environnements confinés et non confinés . Méthodes Mol Biol. 1749 : 341-350. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7701-7_24
Comment citer
L'ensemble de fichiers Dicty Tracking est également disponible publiquement sur figshare . L'identifiant d'objet numérique (DOI) qui lui est attribué est 10.6084/m9.figshare.5024552. Dicty Tracking peut être cité comme
Litschko C (2017) Dicty Tracking : un outil autonome pour un suivi rapide et facile des cellules Dictyostelium en migration. partage de figue. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5024552
