baad
veau2002, dictionary
La base de données sur la biomasse et l'allométrie (BAAD) contient des données sur la construction de plantes ligneuses à travers le monde. Ces données ont été recueillies à partir de plus de 170 études scientifiques publiées et non publiées, dont la plupart n'étaient pas auparavant disponibles dans le domaine public. Nous espérons que la mise à disposition de ces données améliorera notre capacité à comprendre la croissance des plantes, la dynamique des écosystèmes et le cycle du carbone dans la végétation ligneuse du monde. L'ensemble de données est décrit plus en détail dans la publication
Falster, DS, RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van Breugel, J Camac, Y Claveau, L Coll, M Dannoura, S Delagrange, JC Domec, F Fatemi, W Feng, V Gargaglione, Y Goto, A Hagihara, JS Hall, S Hamilton, D Harja, T Hiura, R Holdaway, LS Hutley, T Ichie, EJ Jokela, A Kantola, JW G Kelly, T Kenzo, D King, BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, L Markesteijn, J Marshall, K McCulloh, I Miyata, K Mokany, S Mori, RW Myster, M Nagano, SL Naidu, Y Nouvellon, AP O'Grady, KL O'Hara, T Ohtsuka, N Osada, OO Osunkoya, PL Peri, AM Petritan, L Poorter, A Portsmuth, C Potvin, J Ransijn, D Reid, SC Ribeiro, SD Roberts, R Rodríguez, A Saldaña-Acosta, I Santa-Regina, K Sasa, NG Selaya, SC Sillett, F Sterck, K Takagi, T Tange, H Tanouchi, D Tissue, T Umehara, H Utsugi, MA Vadeboncoeur, F Valladares, P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes, A Yamaba, T Yamada, T Yamakura, RD Yanai et RA York (2015) BAAD : une base de données sur la biomasse et l'allométrie des plantes ligneuses. Écologie 96 : 1445-1445. 10.1890/14-1889.1
Au moment de la publication, le BAAD contenait 258 526 mesures collectées dans 175 études différentes, auprès de 20 950 individus répartis dans 674 espèces. Les détails sur les études individuelles contribuées au BAAD sont disponibles dans ces rapports en ligne.
Les données de BAAD sont publiées dans le cadre de la renonciation au domaine public Creative Commons Zero et peuvent donc être réutilisées sans restriction. Pour reconnaître le travail effectué pour créer la base de données, nous vous demandons de bien vouloir citer l'article ci-dessus, ou, lorsque vous utilisez les données d'une ou de quelques études individuelles seulement, les articles originaux si vous préférez.
Il existe deux options pour accéder aux données dans BAAD.
Vous pouvez télécharger une version compilée de la base de données à partir de :
R .La base de données contient les éléments suivants
data : ensemble de données amalgamé (table), avec des colonnes telles que définies dans dictionarydictionary : un tableau de définitions de variablesmetadata : un tableau avec des colonnes "studyName", "Topic", "Description", contenant des informations écrites sur les méthodes utilisées pour collecter les donnéesmethods : un tableau avec des colonnes comme dans data, mais contenant un code pour les méthodes utilisées pour collecter les données. Voir config/methodsDefinitions.csv pour les codes.references : à la fois sous forme de tableau récapitulatif et d'entrées bibtex contenant la source principale de chaque étudecontacts : tableau avec coordonnées et affiliations pour chaque étude. Ces éléments sont disponibles sur les deux liens ci-dessus sous forme d'une série de fichiers CSV et texte. Si vous utilisez R , le meilleur moyen d'accéder aux données est de loin via notre package baad.data. Après avoir installé le package (instructions ici), les utilisateurs peuvent exécuter
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )de télécharger la version stockée des Archives Écologiques, ou
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )pour télécharger une version antérieure ou plus récente (où les numéros de version suivront les directives de gestion des versions sémantiques. Le package baad.data met tout en cache afin que les appels ultérieurs, même entre les sessions, soient très rapides. Cela devrait faciliter une plus grande reproductibilité en facilitant la dépendance à la version utilisée pour une analyse particulière, et permettant à différentes analyses d'utiliser différentes versions de la base de données.
De plus amples détails sur les différentes versions et les modifications entre les versions sont disponibles sur la page des versions de github et dans le CHANGELOG.
Le BAAD est conçu pour être une base de données vivante : nous publierons périodiquement des versions à mesure que nous ajouterons davantage de données. Ces mises à jour correspondront aux changements du numéro de version de cette ressource, et chaque version de la base de données sera disponible sur github et via le package baad.data. Si vous utilisez cette ressource pour une analyse publiée, veuillez noter le numéro de version dans votre publication. Cela permettra à n’importe qui dans le futur de revenir en arrière et de retrouver exactement la même version des données que vous avez utilisée.
Le BAAD peut être reconstruit à partir de la source (fichiers de données brutes) à l'aide de notre flux de travail scripté dans R. Au-delà de la base R, la construction du BAAD nécessite le package « remake ». Pour installer remake, depuis R, exécutez :
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
Un certain nombre d'autres packages sont également requis ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). Ceux-ci peuvent être installés soit dans R en utilisant install.packages , soit plus facilement en utilisant remake (instructions ci-dessous).
La base de données peut ensuite être reconstruite à l'aide de remake.
Téléchargez d'abord le code et les données brutes, soit depuis les archives écologiques, soit depuis github sous forme de fichier zip, ou en clonant le référentiel baad :
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
Ensuite, ouvrez R et définissez le dossier téléchargé comme répertoire de travail. Alors,
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
Une copie de l'ensemble de données a été enregistrée dans le dossier export sous forme de fichiers rds (données compressées pour R) et également sous forme de fichiers csv.
Vous pouvez reproduire n'importe quelle version du BAAD en consultant le commit approprié généré ou en utilisant les liens fournis sous l'onglet versions. Par exemple, pour reproduire la v1.0.0 de la base de données, correspondant à l'article dans Ecology et au manuscrit soumis à Ecology :
git checkout v1.0.0
Puis dans R, exécutez
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
Nous apprécions d’autres contributions au BAAD.
Si vous souhaitez contribuer des données, les exigences sont
Consultez ces instructions pour savoir comment préparer et soumettre votre contribution.
Une fois que suffisamment de données supplémentaires auront été fournies, nous prévoyons de soumettre une mise à jour du premier document de données, en invitant comme co-auteurs toute personne ayant contribué depuis le premier document de données.
Nous sommes extrêmement reconnaissants à tous ceux qui ont contribué aux données. Nous souhaitons également remercier les sources de financement suivantes pour leur soutien à la compilation des données. DS Falster, A. Vårhammer et DR Barneche ont été employés grâce à une subvention de découverte ARC accordée à Falster (DP110102086) et à une subvention de démarrage UWS accordée à RA Duursma. RG FitzJohn a reçu le soutien du Fonds de dotation pour la science et l'industrie (RP04-174). MI Ishihara a été soutenu par le Fonds de recherche environnementale et de développement technologique (S-9-3) du ministère de l'Environnement du Japon.
