bx python

bx-python

Le projet BX-Python est une bibliothèque Python et un ensemble associé de scripts pour la mise en œuvre rapide des analyses à l'échelle du génome. La bibliothèque contient une variété de modules utiles, mais les forces particulières sont:

• Cours de lecture et de travail avec les alignements locaux multiples à l'échelle du génome (aux formats MAF, AXT et LAV)
• Structure de données générique pour l'indexation sur les fichiers de disque qui contiennent des blocs de données associés aux intervalles sur diverses séquences (utilisé, par exemple, pour fournir un accès aléatoire aux alignements individuels dans des fichiers énormes; optimisé pour une utilisation sur les systèmes de fichiers réseau)
• Structures de données pour travailler avec des intervalles sur les séquences
  • "Ensembles de bits bacned" qui agissent comme des réseaux de bits de taille chromosomique, mais allouent paresseusement les régions et permettent de stocker de gros blocs de tous les bits décorés ou non
  • "Intersecter" pour effectuer des tests d'intersection rapides qui préservent à la fois les intervalles de requête et cible et l'annotation associée

Exigences

La construction nécessite actuellement liblzo, par exemple sudo apt-get install liblzo2-dev sur Debian / Ubuntu).

Installation

Le package peut être installé avec PIP:

pip install bx-python

Il est disponible en bioconda (recommandé):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

Il est disponible dans Debian et Ubuntu:

sudo apt install python3-bx

Ou peut être construit à partir d'une caisse du référentiel:

python setup.py install