consort

épouse

L'objectif de consort est de faciliter la création de diagrammes de consort pour la déclaration transparente de l'allocation des participants dans des essais cliniques contrôlés randomisés. Cela se fait en créant des données de disposition standardisées et en utilisant ces données comme source de la création d'un diagramme de consort standard. L'effort humain en fournissant des étiquettes de texte sur le nœud peut également être réalisé.

Installation

Vous pouvez installer la version publiée de Consort de Cran avec:

 install.packages ("consort")

Et la version de développement de Github avec:

 # install.packages ("Devtools") Devtools :: install_github ("Adayim / Consort")

Exemple

Ceci est un exemple de base qui vous montre comment résoudre un diagramme Create Consort avec des données de disposition de sujet données:

 bibliothèque (consort) ## Code d'exemple de base

 set.seed (1001) n <- 300Trialno <- échantillon (c (1000: 2000), n) exc <- rep (na, n) exc [échantillon (1: n, 15)] <- échantillon (c (" Échantillon non collecté "," IRM non collecté "," autre "), 15, remplacer = t, prob = C (0,4, 0,4, 0,2)) ARM <- REP (NA, N) ARM [IS.NA (EXC) ] <- échantillon (c ("con", "seq"), sum (is.na (exc)), remplacer = t) fow1 <- rep (na, n) fow1 [! is.na (arm)] < - échantillon (c ("se retirer", "abandonné", "mort", "autre", na),
                            sum (! is.na (bras)), remplacer = t, prob = c (0,05, 0,05, 0,05, 0,05, 0,8)) fow2 <- rep (na, n) fow2 [! is.na (bras) & Is Is .na (fow1)] <- échantillon (c ("déviation du protocole", "résultat manquant", na),
                                          sum (! is.na (bras) & is.na (fow1)), remplacer = t,
                                           prob = c (0,05, 0,05, 0,9)) df <- data.frame (essaino, exc, arm, fow1, fow2)
Tête (DF) #> Trialno Exc ARM FOW1 FOW2 #> 1 1086 <NA> CONC <NA> <NA> #> 2 1418 <NA> SEQ <NA> <NA> #> 3 1502 <NA> CONC Death <Na > #> 4 1846 <Na> Conc <Na> <Na> #> 5 1303 <Na> Conc Death <Na> #> 6 1838 <Na> Seq <Na> <Na>

 OUT <- Consort_plot (data = df, ordonnance = c (essaino = "population", exc = "exclu", arm = "patient randomisé", fow1 = "perdu de suivi", essaino = "suivi fini", fow2 = "Non évaluable", essaino = "analyse finale"), Side_box = c ("exc", "fow1", "fow2"), allocation = "arm", labels = c ("1" = "dépistage", " 2 "=" randomisation "," 5 "=" final "), cex = 0,6)

Terrain (Out) 

Comme le traçage grid n'est pas très idéal, le calcul des coodintes pour les nœuds n'est pas facile et a fait de mon mieux. N'hésitez pas à les relations publiques si vous voulez vous améliorer. Ou vous pouvez produire un tracé Graphviz en définissant grViz = TRUE dans plot . Cela utilisera DiagrammeR pour imprimer l'intrigue. L'intrigue est idéale pour la sortie brillante ou HTML.

 Plot (Out, Grviz = true) 

Ou enregistrez ce tracé Graphviz sur png ou pdf

 tracé (g, grviz = true) |> diagrammersvg :: export_svg () |>
     chartoraw () |> rsvg :: rsvg_pdf ("svg_graph.pdf")