nextflow
ersion
Henri E. Bal, Jennifer G. Steiner, Andrew S. Tanenbaum
Nextflow adalah sistem alur kerja untuk membuat alur kerja yang skalabel, portabel, dan dapat direproduksi. Hal ini didasarkan pada model pemrograman aliran data, yang sangat menyederhanakan penulisan alur paralel dan terdistribusi, memungkinkan Anda untuk fokus pada aliran data dan komputasi. Nextflow dapat menerapkan alur kerja di berbagai platform eksekusi, termasuk mesin lokal Anda, penjadwal HPC, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch, dan Kubernetes. Selain itu, ini mendukung banyak cara untuk mengelola dependensi perangkat lunak Anda, termasuk Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity, dan banyak lagi.
Instal Nextflow dengan satu perintah:
curl -fsSL https://get.nextflow.io | pesta
Ini menciptakan file eksekusi nextflow di direktori saat ini. Anda kemudian dapat memindahkannya ke direktori di $PATH Anda untuk menjalankannya dari mana saja.
Nextflow juga dapat diinstal dari Bioconda:
conda install -c bioconda aliran berikutnya
Dokumentasi Nextflow tersedia untuk rilis stabil dan edge terbaru.
Anda dapat memposting pertanyaan dan mendapatkan bantuan di forum komunitas Nextflow atau Nextflow Slack. Bug dan permintaan fitur harus dilaporkan sebagai masalah GitHub.
Komunitas Nextflow sangat aktif dengan pertemuan komunitas rutin, acara, podcast, dan banyak lagi. Anda dapat melihat sebagian besar materi ini di saluran YouTube Nextflow dan nf-core.
Proyek nf-core adalah upaya komunitas yang menggabungkan alur kerja Nextflow berkualitas tinggi yang dapat digunakan oleh semua orang.
Kontribusi sangat kami harapkan. Lihat file KONTRIBUSI untuk rinciannya.
Nextflow dirilis di bawah lisensi Apache 2.0. Nextflow adalah merek dagang terdaftar.
Jika Anda menggunakan Nextflow dalam pekerjaan Anda, harap kutip:
P.Di Tommaso, dkk. Nextflow memungkinkan alur kerja komputasi yang dapat direproduksi. Bioteknologi Alam 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820
Nextflow dibangun di atas dua proyek perangkat lunak sumber terbuka *hebat*, Groovy dan GPars.
YourKit dengan baik hati mendukung Nextflow dengan Java Profiler berfitur lengkap.
