baktopia
3.1.0
Bactopia adalah saluran fleksibel untuk analisis lengkap genom bakteri. Tujuan Bactopia adalah memproses data Anda dengan seperangkat alat yang luas, sehingga Anda dapat melakukan bagian analisis yang menyenangkan dengan lebih cepat!
Bactopia dapat dibagi menjadi dua bagian utama: Bactopia Analysis Pipeline, dan Bactopia Tools.
Bactopia Analysis Pipeline adalah alur kerja per-isolasi utama di Bactopia. Dibangun dengan Nextflow, FASTQ masukan (lokal atau tersedia dari SRA/ENA) dimasukkan melalui berbagai analisis termasuk: kontrol kualitas, perakitan, anotasi, kueri sketsa minmer, pengetikan urutan, dan banyak lagi.
Bactopia Tools adalah serangkaian alur kerja independen untuk analisis komparatif. Analisis komparatif dapat mencakup laporan ringkasan, pan-genom, atau konstruksi pohon filogenetik. Dengan menggunakan struktur keluaran Bactopia yang dapat diprediksi, Anda dapat memilih sampel mana yang akan disertakan untuk diproses dengan Alat Bactopia.
Bactopia terinspirasi oleh Staphopia, sebuah alur kerja yang kami (Tim Read dan saya sendiri) rilis yang menargetkan genom Staphylococcus aureus . Menggunakan apa yang kami pelajari dari Staphopia dan umpan balik pengguna, Bactopia dikembangkan dari awal dengan mempertimbangkan kegunaan, portabilitas, dan kecepatan sejak awal.
Mulai Cepat
mamba create -y -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia
conda activate bactopia
bactopia datasets
# Paired-end
bactopia --R1 R1.fastq.gz --R2 R2.fastq.gz --sample SAMPLE_NAME
--datasets datasets/ --outdir OUTDIR
# Single-End
bactopia --SE SAMPLE.fastq.gz --sample SAMPLE --datasets datasets/ --outdir OUTDIR
# Multiple Samples
bactopia prepare MY-FASTQS/ > fastqs.txt
bactopia --fastqs fastqs.txt --datasets datasets --outdir OUTDIR
# Single ENA/SRA Experiment
bactopia --accession SRX000000 --datasets datasets --outdir OUTDIR
# Multiple ENA/SRA Experiments
bactopia search "staphylococcus aureus" > accessions.txt
bactopia --accessions accessions.txt --dataset datasets --outdir ${OUTDIR}Bactopia memiliki banyak alat yang dibangun dalam alur kerjanya. Seperti yang dapat Anda bayangkan, semua alat ini menyebabkan banyak ketergantungan, dan menavigasi ketergantungan sering kali menjadi proses yang sangat membuat frustrasi. Dengan pemikiran ini, sejak awal Bactopia dikembangkan untuk hanya menyertakan program yang dapat diinstal menggunakan Conda.
Conda adalah sistem manajemen paket sumber terbuka dan sistem manajemen lingkungan yang berjalan di Windows, macOS dan Linux. Dengan kata lain, ini membuatnya sangat mudah untuk menginstal alat yang Anda perlukan! Dokumentasi resmi Conda adalah titik awal yang baik untuk memulai Conda. Bactopia telah diuji menggunakan penginstal Miniforge, tetapi penginstal Anaconda seharusnya bekerja dengan cara yang sama.
Setelah Conda siap, Anda siap menciptakan lingkungan untuk Bactopia.
# Recommended mamba create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia # or with standard conda conda create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia
Setelah beberapa menit Anda akan memiliki lingkungan conda baru yang diberi nama bactopia . Untuk mengaktifkan lingkungan ini, Anda dapat menggunakan perintah berikut:
conda activate bactopia
Dan voila, Anda siap untuk mulai memproses data Anda!
Jika Anda pernah menggunakan Bactopia dalam pekerjaan Anda, pastikan untuk mengutip kumpulan data atau alat apa pun yang mungkin pernah Anda gunakan. Daftar setiap kumpulan data/alat yang digunakan oleh Bactopia telah tersedia.
Jika kutipan perlu diperbarui, harap beri tahu saya!
Bactopia benar-benar sebuah kasus "berdiri di atas bahu para raksasa" . Hampir setiap komponen Bactopia dibuat oleh orang lain dan tersedia secara gratis untuk umum.
Saya secara pribadi ingin menyampaikan banyak terima kasih dan terima kasih kepada penulis paket perangkat lunak dan kumpulan data publik ini. Jika kamu sudah sampai sejauh ini, aku berhutang bir padamu? (atau kopi ☕!) jika kita bertemu langsung. Sungguh, terima kasih banyak!
Jika Bactopia tidak sesuai dengan kebutuhan Anda, berikut beberapa alternatif yang dapat Anda periksa. Saya pribadi belum pernah menggunakannya, tetapi Anda mungkin menganggapnya sesuai dengan kebutuhan Anda! Jika Anda mengalami masalah dalam menggunakan Bactopia, silakan menghubungi kami!
AQUAMIS
Deneke C, Brendebach H, Uelze L, Borowiak M, Malorny B, Tausch SH. Kontrol Kualitas Spesifik Spesies, Perakitan dan Deteksi Kontaminasi dalam Urutan Isolat Mikroba dengan AQUAMIS. Gen. 2021;12. doi:10.3390/genes12050644
ASA³P
Schwengers O, Hoek A, Fritzenwanker M, Falgenhauer L, Hain T, Chakraborty T, Goesmann A. ASA³P: Saluran pipa otomatis dan terukur untuk perakitan, anotasi, dan analisis tingkat tinggi dari isolat bakteri yang berkerabat dekat. Biol Komputasi PLoS 2020;16:e1007134. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007134.
PIPA Mikro
Murigneux V, Roberts LW, Forde BM, Phan MD, Nhu NTK, Irwin AD, Harris PNA, Paterson DL, Schembri MA, Whiley DM, Beatson SA MicroPIPE: memvalidasi alur kerja ujung ke ujung untuk konstruksi genom bakteri lengkap berkualitas tinggi . Genomik BMC , 22(1), 474. (2021) https://doi.org/10.1186/s12864-021-07767-z
Nullarbor
Seemann T, Goncalves da Silva A, Bulach DM, Schultz MB, Kwong JC, Howden BP. Nullarbor Github https://github.com/tseemann/nullarbor
ProkEvo
Pavlovikj N, Gomes-Neto JC, Deogun JS, Benson AK ProkEvo: kerangka kerja otomatis, dapat direproduksi, dan terukur untuk analisis genomik populasi bakteri dengan throughput tinggi. RekanJ , e11376 (2021) https://doi.org/10.7717/peerj.11376
Genomik Bakteri Kesehatan Masyarakat
Libuit K, Ambrosio F, Kapsak C Genomik Bakteri Kesehatan Masyarakat GitHub https://github.com/theiagen/public_health_bacterial_genomics
rMAP
Sserwadda I, Mboowa G rMAP: Pipa Analisis Mikroba Cepat untuk data sekuens seluruh genom kelompok bakteri ESKAPE. Genomik Mikroba , 7(6). (2021) https://doi.org/10.1099/mgen.0.000583
TORMES
Quijada NM, Rodríguez-Lázaro D, Eiros JM, Hernández M. TORMES: saluran otomatis untuk analisis genom bakteri secara keseluruhan. Bioinformatika 2019;35:4207–12. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz220.
Masukan Anda sangat berharga! Jika Anda mengalami masalah apa pun dalam menggunakan Bactopia, memiliki pertanyaan, atau memiliki ide untuk meningkatkan Bactopia, saya sangat menganjurkan Anda untuk mengirimkannya ke Issue Tracker.
Lisensi MIT
Petit III RA, Read TD, Bactopia: saluran fleksibel untuk analisis lengkap genom bakteri. mSistem . 5 (2020), https://doi.org/10.1128/mSystems.00190-20.
Robert A. Petit III
Twitter: @ rpetit3
Dukungan untuk proyek ini datang (sebagian) dari Emory Public Health Bioinformatics Fellowship yang didanai oleh CDC Emerging Infections Program (U50CK000485) PPHF/ACA: Peningkatan Epidemiologi dan Kapasitas Laboratorium, Divisi Kesehatan Masyarakat Wyoming, dan Pusat Epidemiologi Patogen Terapan dan Pengendalian Wabah (CAPE).
