otot

Otot adalah perangkat lunak yang banyak digunakan untuk membuat berbagai penyelarasan rangkaian biologis.

Muscle mencapai skor tertinggi pada tes benchmark Balibase, Bralibase, dan Balifam dan menskalakan hingga ribuan urutan atau struktur pada komputer desktop komoditas.

Dukungan otot menghasilkan ansambel penyelarasan alternatif dengan akurasi tinggi yang sama yang diperoleh dengan parameter default. Dengan membandingkan prediksi hilir dari berbagai kesejajaran, seperti pohon, ahli biologi dapat mengevaluasi kekuatan kesimpulan terhadap variasi kesejajaran yang disebabkan oleh ambiguitas dan kesalahan.

Penyelarasan beberapa struktur

Penyelarasan struktur ("Muscle-3D") didukung serta penyelarasan urutan asam amino konvensional. Input untuk penyelarasan struktur adalah file "mega" yang dihasilkan oleh perintah reseek pdb2mega (https://github.com/rcedgar/reseek).

 # hingga ~100 struktur
cari ulang -pdb2mega STRUK -output structs.mega
otot -selaraskan struct.mega -output struct.afa

# hingga ~10.000 struktur
mencari kembali -konversi STRUK -bca structs.bca
mencari kembali -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
mencari kembali -distmx structs.bca -output structs.distmx
otot -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

Unduhan dan instalasi

File biner bersifat mandiri, tidak ada ketergantungan. Untuk menginstal, unduh biner dan pastikan bit eksekusi disetel.

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

Dokumentasi

Halaman beranda otot v5
petunjuk

Membangun OTOT dari sumbernya

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

Referensi

Edgar RC., Muscle5: Ansambel penyelarasan dengan akurasi tinggi memungkinkan penilaian homologi dan filogeni urutan yang tidak memihak. Komunikasi Alam 13.1 (2022): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

Edgar RC. dan Tolstoy I., Muscle-3D: penyelarasan struktur protein ganda yang dapat diskalakan (2024) BioRxiv .