Amplikon Mudah

Amplikon Mudah

Versi Cina dalam (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: Saluran pipa yang mudah digunakan, bersumber terbuka, dapat direproduksi, dan berbasis komunitas untuk analisis data amplikon dalam penelitian mikrobioma

Versi：v1.21

Pembaruan：2024/08/05

Manual saluran pipa dan deskripsi file

Menggunakan RStudio untuk membuka pipeline tersedia dalam bahasa Mandarin (pipeline.sh) dan Inggris (pipeline_en.sh)

Deskripsi File:

• Readme.md # Pengenalan dan instalasi
• pipeline.sh # Analisis baris perintah untuk Windows dan Linux (tersedia dalam bahasa Mandarin dan Inggris)
• pipeline_mac.sh # Analisis baris perintah untuk MacOS
• hasil/ # Contoh data hasil
• result/Diversity.Rmd # Analisis keragaman interaktif dalam R dan menghasilkan laporan yang dapat direproduksi dalam format HTML

Apa yang bisa kita lakukan?

• Analisis dan visualisasi data mikrobioma khususnya untuk amplikon 16S rDNA;
• Dari data mentah menjadi tabel fitur;
• Mendukung 20+ metode analisis dan visualisasi siap publikasi;
• Selesaikan proyek Anda di laptop dalam waktu singkat (kira-kira 3 jam);
• Panduan materi pendukung dan video dalam bahasa Mandarin/Inggris.

Gambar 1. Alur EasyAmplicon untuk menganalisis rangkaian amplikon ujung berpasangan.

Gambar 2. Contoh visualisasi kualitas publikasi.

Gambar 3. Contoh tambahan visualisasi kualitas publikasi pada Gambar 2.

Gambar 4. Visualisasi yang dihasilkan oleh perangkat lunak pihak ketiga menggunakan file perantara EasyAmplicon.

Memasang

Instal Ketergantungan

Semua cadangan perangkat lunak dapat ditemukan di

• FTP: Filezilla mengunjungi FTP download.nmdc.cn secara anonim. Di direktori alat, Anda dapat menemukan semua perangkat lunak dan paket di amplicon dan berbagai sistem yang mendukung mac, win
• Disk Bersih Baidu：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

Silakan instal perangkat lunak ketergantungan sesuai dengan sistem Anda (Win/Mac/Linux).

• R 4.xx direkomendasikan untuk menjalankan skrip R https://www.r-project.org/. Disarankan juga agar Rtools diinstal untuk paket kode sumber.
• RStudio 2023.xx.x adalah lingkungan pengembangan terintegrasi untuk R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git untuk Windows 2.xx.x (khusus Windows) http://gitforwindows.org/
• Paket R instalasi cepat

Statistik dan visualisasi mungkin memerlukan > 500 paket R. Instalasi memakan waktu dan mungkin juga bergantung pada alat kompilasi lainnya. Anda dapat mengunduh semua paket R yang diperlukan di https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip atau db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip, lalu unzip dan ambil 4.x folder masuk C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library

Instal EasyAmplikon

• Metode 1. Kunjungi beranda GitHub, Kode -- Unduh

• Pipa EasyAmplicon (Kontrol positif) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome menyertakan skrip dan database https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

Download project di C: atau D: lalu unzip (jaga nama direktori sama persis dengan nama software)

• Metode 2. Unduh melalui situs mirror di BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz atau EasyMicrobiome.tar.gz

• Metode 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon dan git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . Catatan: fatal: unable to access dapat mencoba lagi.

Mulai Cepat

Menggunakan Windows 10+ sebagai contoh:

1. Buka RStudio, dan atur terminal sebagai Git Bash (Alat -- Opsi Global -- Terminal -- Terminal baru -- Git Bash -- OK)
2. File -- Buka File -- folder EasyAmplicon -- pipeline.sh (windows/linux) atau pipeline_mac.sh (mac)
3. Setup work directory (wd), dan EasyMicrobiome directory (db), lalu jalankan setiap baris dengan mengklik run di pojok kanan atas

Contoh kumpulan data

• seq/ # pengurutan mentah dalam format fastq zip, cadangan dapat diunduh berdasarkan metadata dari GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
• hasil/ # Contoh data dan angka untuk pipa standar, seperti alfa, beta, pajak
• lanjutan/ # Contoh analisis lanjutan, meliputi data, skrip, dan angka keluaran

Pertanyaan Umum

Pertanyaan yang Sering Diajukan di pipeline.sh

Catatan: Semua skrip .sh ditulis dalam format penurunan harga, menggunakan Youdao Note atau VSCode untuk pengalaman membaca yang lebih baik.

Kutipan

Jika menggunakan skrip ini, harap kutip:

Yong-Xin Liu , Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen , Tong Chen . 2023. EasyAmplicon: Saluran pipa yang mudah digunakan, bersumber terbuka, dapat direproduksi, dan berbasis komunitas untuk analisis data amplikon dalam penelitian mikrobioma. iMeta 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

Hak Cipta 2016-2023 Yong-Xin Liu [email protected], Tao Wen [email protected], Tong Chen [email protected]